Родился в селе Кравотынь Тверской губернии, 31 декабря 1853 года. Его отец, Василий Тимофеевич Болотов, служил причетником Троицкого собора в городе Осташкове. За несколько месяцев до появления сына на свет он утонул в озере Селигер. После этой трагедии вся тяжесть материального содержания и первоначального воспитания сына легла на плечи вдовы, матери Василия, Марии Ивановны (в девичестве — Вишняковой). К моменту трагедии ей было 27 лет.

Семья жила очень бедно, практически выживала. Мать Василия зарабатывала средства изготовлением просфор для местной церкви и шитьем для крестьянок.

До девяти лет она обучала сына сама. Мария Ивановна обладала исключительной памятью. В свое время она самостоятельно выучилась грамоте. По-видимому, неординарной способностью к образованию и самообразованию Василий был обязан именно ей.

Трудно представить, но в зрелости В. Болотов владел двадцатью языками, в том числе "мертвыми", знал иврит, арамейский, персидский и другие. Наизусть цитировал Гомера, Цицерона. Помимо любимой истории, которую, можно сказать, он знал в совершенстве, он увлекался археологией, математикой, астрономией. В своё время уровнем его знаний в области точных наук восхищался такой выдающийся русский ученый как Дмитрий Менделеев. Отец Сергий Булгаков ставил В. Болотова в пример студентам Богословского института в Париже. Но что не менее удивительно, авторитетный западный историк А. Гарнак, чтобы читать сочинения В. В. Болотова в оригинале, готов был штудировать и штудировал русский язык.

Поскольку Василий был сыном младшего клирика, он имел право на получение среднего духовного образования за казенный счёт. Это право, конечно же, было реализовано. В 1863 году он поступил в Осташковское духовное училище. На каникулы Мария Ивановна забирала его к себе. Скудость их семейного бюджета была до того ощутимой, что добираясь до сына, мать не имела возможности нанять перевозчика с лодкой и была вынуждена пользоваться обходным, береговым, пешим маршрутом, протяженностью в 35 километров.

Обучение в духовной семинарии, духовной академии

По выпуске из училища, в 1869 году, Василий поступил в Тверскую духовную семинарию. В процессе обучения он демонстрировал настолько неординарные успехи, что удивлял и студентов, и преподавателей. Особенно хорошо Василию давались древние и новые языки. Однажды митрополит Филофей, присутствуя на экзамене, так изумился ответам Василия, что вынужден был осенить себя Крестным знамением.

По окончании семинарии, в 1875 году, Василий продолжил учёбу в Санкт-Петербургской духовной академии, на церковно-историческом отделении. В академии помимо прочих дисциплин, он продолжал заниматься активным изучением языков, в том числе древних.

По оценкам современников, в академии он не просто был первым студентом, а на голову превосходил всех своих однокурсников. Рассказывают, что даже преподаватели, излагая учебный материал, нет-нет да и посматривали в сторону В. Болотова, не морщит ли он от несогласия лицо. Собственно, ещё в студенческие годы Василию предложили преподавать самому. С третьего курса он фактически исполнял роль экстраординарного профессора, что было необычным даже для лучших учащихся.

В июне 1878 года В. Болотов защитил кандидатскую, а в октябре 1879 года и магистерскую диссертацию.

Научная и преподавательская деятельность

Спустя непродолжительное время после смерти профессора Чельцова Василий Болотов занял кафедру древней церковной истории, на которой затем проработал всю оставшуюся жизнь: поначалу, с ноября 1879 года, в качестве доцента, потом, с октября 1884 года, в качестве экстраординарного профессора, наконец, с сентября 1896 года в звании ординарного профессора.

Надо сказать, что при всем восхищении, уважении со стороны окружающих Болотов не тянулся к внешнему благополучию. Жил он достаточно скромно. Главным его богатством были, конечно же, книги. В качестве увлечения он любил переплетать их в разноцветные корешки.

По мере возможности Василий Васильевич приезжал на свою малую родину, к матери, ходил с ней в местную церковь. Вообще же он всячески старался держать с ней сыновнюю связь. Пребывая в родном селе, профессор любил купаться в чистой озерной воде, а вечера посвящал занятиям.

В период с 1896 по 1897 год В. В. Болотов замещал кафедру Догматического Богословия, читал лекции по курсу исторического изложения догматов.

Наряду с преподавательской деятельностью в 80-90 годах профессор занимался и гражданскими делами: исполнял обязанности присяжного заседателя, принимал деятельное участие в подготовке экспедиций в Эфиопию (как переводчик и консультант).

Роль В. В. Болотова в переводе дипломатической переписки с эфиопских языков была отмечена государством досрочным присуждением ему чина действительного статского советника.

В феврале 1890 года Василий Васильевич удостоился премии митрополита Макария (Булгакова). Так были оценены его фундаментальные труды по церковной истории Эфиопии и Египта.

В 1892-1893 годах он участвовал в качестве авторитетного эксперта в работе комиссии по проблематике соединения старокатоликов с православными христианами. Плодом его участия стало составление 27 тезисов о Святом Духе. Надо сказать, что точка зрения В. Болотова по этому вопросу не всеми была принята за эталон.

В 1893 году Василий Васильевич был избран членом-корреспондентом Императорской Академии Наук.

В мае 1896 года В. В. Болотов получил степень доктора церковной истории, за совокупность трудов. Вообще-то, как ответственный и целеустремленный ученый, он планировал написать докторскую диссертацию, а потом защититься. В качестве темы для исследования думал взять два еретических направления V века, выражавщих два радикальных, взаимно противоположных подхода к вопросу о Лице Господа Иисуса Христа: несторианство и монофизитство.

Однако в то время церковное руководство не приветствовало занятий профессоров академий глубоким научным анализом еретических заблуждений. Что оставалось делать Василию Васильевичу? Согласиться на любую другую тему для диссертации, лишь бы одобрили? Он выбрал другое: отказался писать лишь бы писать. В конце концов члены Ученого совета, испытывая некоторое моральное неудобство от этой ситуации, настояли на присуждении ему докторской степени.

Летом того же года у Василия Васильевича развилась опухоль на ноге. Вероятно, она образовалась в результате сидячего образа жизни профессора и вследствие его привычки класть во время работы ногу на ногу, а сверху — множество книг. Несмотря на мучительность болезни В. Болотов находил в себе силы для иронии: успокаивая мать в нежных письмах он ободрял её, говоря, что одна больная нога всё же лучше, чем две. В этот период его навещали друзья и товарищи, в том числе иностранные ученые.

В 1893 году Василий Васильевич был избран членом-корреспондентом Императорской АН.

В последний период жизни состояние В. В. Болотова было отягощено серьёзными болезнями: он страдал от хронического малокровия, печеночной и почечной недостаточности. В 1899 году умерла его мать. Эта утрата ещё больше подточила здоровье учёного. В. Болотов пережил Марию Ивановну всего на несколько месяцев. Несмотря на то, что по складу души он не стремился к уединённой аскетической жизни, семьи он так и не образовал.

Последнее время Василий Васильевич работал в комиссии по реформе календаря, созданной при Русском астрономическом обществе. Эту комиссию возглавлял Д. Менделеев.

5 апреля 1900 года сердце В. Болотова остановилось. Архимандрит Иоанн (Крестьянкин) рассказывал: «Умирал в полном и ясном сознании профессор Петроградской Духовной Академии Василий Васильевич Болотов, знаменитый ученый, человек с колоссальными знаниями и со смиренной верой в сердце. Умирал, напутствованный в вечность Исповедью и Причастием, и последние его слова на земле были восторгом души его пред открывшимся духовному взору блаженством: “Как прекрасны последние минуты… как хорошо умирать… иду ко Кресту… Христос идет… Бог идет…”». Его тело предали земле на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры в Санкт-Петербурге.

Творческое наследие

В. В. Болотов оставил после себя множество ценнейших научных трудов. Сочинениями этого учёного восхищались его современники. На сегодняшний день многие из его работ не только не утратили актуальности, но и считаются непревзойденными. Среди прочих особого внимания заслуживают такие произведения как Аналогия истории распространения христианства в России с историей распространения христианства в Римской империи; Избрание папы в римско-католической церкви; К вопросу о Filioque; Лекции по истории Древней Церкви; На чем основывается учение о наследственности таланта?.