V. Степень, преимущества и устав монастыря
Коренная Рождество-Богородицкая пустынь, будучи построена царским иждивением, получила при самом своём основании в 1597 году настоятельство Игуменское.
В период зависимости сей обители от Курского Знаменского монастыря(1618 – 1764), ею управляли старшие иеромонахи малого братства в ней проживавшего, которые по актам XVIII столетия назывались Строителями, а самая пустынь именовалась приписной пустынькой или монастырьком к Курскому Богородицкому монастырю.
В 1764 году, во время учреждения о духовных штатах Коренная пустынь, по распоряжению епархиального начальства, будучи отчислена от Курского Богородицкого монастыря, в тоже время включена в число заштатных монастырей Белгородской епархии, оставленных на своём содержании, с настоятельством строительским и 7-ю монашествующими.
В 1806 году, строитель сей пустыни, о. Макарий, по Высочайшему повелению возведен в сан Игумена, а в 1816 году, в следствие представления Преосвященного Феоктиста, учреждено в Коренной пустыни с высочайшего разрешения по примеру Ниловой пустыни – Архимандрия, «ради знаменитости места, по явлении в нем прославленной Божией Матери иконы». В 1804 году, по Высочайше конфирмованному в 9 день февраля того года докладу от Святейшего Правительствующего Синода поданному, в сем монастыре прибавлено штату в сравнении с первоклассными монастырями, по знатности места, до 30 человек монашествующих и 10 человек больничных, а в последствии, в силу общих распоряжений, дозволено наштатное число монашествующих содержать такое же число указных послушников.
Монастырь с самого основания своего по актам именуется общим; во время зависимости его от Курского Богородицкого Монастыря, жившая в тогдашней пустыньке братия содержание имела частью от ежегодного приноса Иконы, а частью от своего хозяйства: огородов, пасек, садов; хлеб же получала из ближайших монастырских вотчин, монастыря, к которому была приписана их Пустынька; монастырский порядок этого периода остается неизвестным.
В период самостоятельного существования обители с 1764 по 1792 год, общежитие в обители было не полное; так в делах 1785 года находим известие, что кружечные деньги, собранные в богомолье о девятой пятнице, поступали в раздел по третям на одежду, но трапеза и тогда была общая.
Для заведения в обители более точных общежительных правил и порядков, по просьбе Преосвященного Феоктиста был вызван в сию пустынь в 1792 году Саровской пустыни иеромонах Иларий, который прибыл сюда с иеродиаконом Парфением и 2-мя послушниками.
В 1800 году, на запрос благочинного Обители Архимандрита Иосифа, каким правилам следуют живущие в сей обители на испытании и о уставе обители вообще, Строитель о. Макарий отвечал письменно, так: «Послушники здесь находящиеся для преобучения к монашеской жизни живут на основании св. Отцев преданий и общих гражданских законов, так как в Саровской, Санаксарской, Флорищевой, Ниловой и прочих общежительных честных обителях; оный Коренной монастырь чин и устав имеет по долгу общежительства, яко же церкви святой устав изъявляет. Впрочем, в оной Коренной пустыни настоятель и братия ныне пребывающие содержали, содержать и впредь содействующей благодати Божией всегда, вседушно и всеусердно, желают чин Монастырский содержать и устав жития своего продолжать, во всем по святейшим заповедям и советам Евангельским, также соответственно верноподданническому своему в отношении Его Императорского Величества долгу, имея целью, как бы спастись и явиться с незазренной совестью пред страшное судище Христа Спасителя нашего. Ей, Аминь!»
По духовному управлению Коренная Пустынь, как принадлежавшая Курской области, с самого своего основания, с 1597 и до 1067 года состояла вместе с своим областным городом в Патриаршей области, а с 1067 года, по открытии в сем году Белгородской епархии, числилась в сей епархии и состояла в духовном управлении в зависимости от Архиереев оной, именовавшихся сперва Белградскими и Обоянскими, потом Белградскими и Курскими и наконец, по перенесении в 1833 году Архиерейской кафедры в Курск, Курскими и Белгородскими.