Родился в семье священника Е. Ф. Пескова, который дал ему фамилию в память о земляке протоиерее Ф. А. Голубинском. Существуют записки Голубинского о его детстве и молодости (опубликованы посмертно, в 1923 году).

В 1843—1848 годы обучался в Солигаличском духовном училище. В 1854 году окончил Костромскую духовную семинарию и как лучший ученик был зачислен в Московскую духовную академию на казённый кошт.

В 1858 году окончил Московскую духовную академию, с 1861 года преподавал в ней историю Русской Церкви. С 1881 года профессор МДА; в 1895 году вышел в отставку. В 1906—1907 годы был членом Предсоборного присутствия.

Первой работой Голубинского было его курсовое сочинение «Об образе действования православных государей греко-римских в IV, V и VI веках в пользу церкви против еретиков и раскольников» (1859).

В совершенстве овладев греческим языком, отправился в поездку на греческий восток в 1872—1873 годы, а также в Европу.

В своём подходе к историческому материалу киевского (домонгольского) периода применил критический историко-сравнительный метод, ранее не использовавшийся применительно к данной теме, сопоставляя имеющиеся свидетельства с византийской церковно-канонической практикой. Прославился своим смелым обращением с легендарными фигурами истории и русской святости.

Некоторые работы при жизни не были опубликованы по цензурным соображениям. Пользовался поддержкой А. В. Горского, митрополита Макария (Булгакова) и обер-прокурора Д. А. Толстого; всячески противодействовал ему К. Победоносцев.

За «Историю Русской церкви» (1880-81) Голубинский был удостоен полной Уваровской премии. В 1902 году был избран в члены Академии Наук. В 1906 году окончательно потерял зрение.

Труды автора

А. П. Кадлубовского «Очерки по истории древнерусской литературы житий святых», I—V. Варшава, 1902: Отзыв. — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1905. — 11с. — Отд. отт. из: Отчет о присуждении премий имени графа Д. А. Толстого.
Вондрак Вацлав. Studie z obzoru cirkevneslovanskeho pisemnictvl (v Praze, 1903): [Ред.]. — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1904. — 7с. — Отд. отт. из: Изв. Отд-ния рус. яз. и словесности Имп. Акад. наук. — 1904. — Т. 9, кн. 3. — С. 343—349.
Вопрос о заимствовании домонгольскими русскими от греков так называемой схедографии. представлявшей собою у последних высший курс грамотности. — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1904. — 11с. — Отд. отт. из: Изв. Отд-ния рус. яз. и словесности Имп. Акад. наук. — 1904. —Т. 9, кн. 2. — С.49—59.
История алтарной преграды или иконостаса в православных церквах: Статья, читанная на 2-м Археологическом съезде в С.-Петербурге 17 дек. 1871 г. // Правосл. обозрение. —М.. 1872. — № 11 (нояб.). — С. 570—589.
История канонизации святых в Русской Церкви. — М. 1903
История канонизации святых в Русской Церкви. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, 1894. — [2], 267 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1894. — Июнь — окт; То же. — 2-е изд., испр. и доп. — М.: Имп. о-во истории и древностей российских при Моск. ун-те, 1903. — [4], 600с. — Библиогр.: с. 3—10.
История Русской Церкви. — М.: Тип. Лисснера и Романа, 1880—1911.
История Русской Церкви. — 2-е изд., испр. и доп. — М.: Имп. о-во истории и древностей российских при Моск. ун-те. 1901—1911 (обл. 1917).
Археологический атлас ко второй половине 1-го тома. — 1906. —34 с., 63л., ил.
К вопросу о начале книгопечатания в Москве. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, [1895]. — 10 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1895. — № 2.
К вопросу о церковной реформе. — М.: Тип. Штаба Моск. воен. окр., 1906. — 23 с.
К нашей полемике со старообрядцами. (Общие вопросы: Что было причиною возникновения у нас раскола старообрядства?) // Богословский вестник. Москва, 1892. Т. 1. № 1. С. 45-76 (2-я пагин.). (Начало.)]
К нашей полемике со старообрядцами. (Общие вопросы: Как явилась у Никона мысль об исправлении обрядов и книг и что такое было или в чем состояло его исправление книг?) // Богословский вестник. Москва, 1892. Т. 1. № 2. С. 277-312 (2-я пагин (Продолжение.)
К нашей полемике со старообрядцами. (Общие вопросы: Необходимо ли было Никоново исправление обрядов и книг) // Богословский вестник. Москва 1892. Т. 1. № 3. С. 485-506 (2-я пагин.).
К нашей полемике со старообрядцами. (Общие вопросы: О перстоложении для крестного знамения и благословения) // Богословский вестник. Москва, 1892. Т. 2. № 4. С. 34-72 (2-я пагин.).
К нашей полемике со старообрядцами. (Частные вопросы: О песни аллилуйя) // Богословский вестник. Москва, 1892. Т. 2. № 5. С. 197-223 (2-я пагин.). (Окончание.)
К нашей полемике с старообрядцами. — Сергиев Посад: Тип. Снегиревой, 1892. — [2], 154 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1892. — № 1—5.
К нашей полемике с старообрядцами. — М.: Унив. тип., 1896. — 49 с. — Из: Чтения в Имп. о-ве истории и древностей российских при Моск. ун-те. — 1896.
К нашей полемике с старообрядцами: (Дополнения и поправки к полемике относительно общей ее постановки и относительно главных частных пунктов разногласия между нами и старообрядцами). — 2-е изд., испр. и доп. — М.: Тип. О-ва распростр. полезн. кн., 1905. — [6], 260 с.
К нашей полемике с старообрядцами: О происхождении раскола старообрядства: Ответ на статью свящ. С. Ледовского «О греко-восточном православии», помещенную в «Братском слове». — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, [1895]. — 40 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1895. — № 3—4.
Кирилл и Мефодий. Главнейшие источники для истории свв. Кирилла и Мефодия, сочинение А. Д. Воронова. Киев, 1878: Рец. — [СПб.]: Тип. Имп. Акад. наук, 1880. — 9 с.
Краткий очерк истории православных Церквей Болгарской, Сербской и Румынской или Молдо-Валашской. М., 1871. — 732 с.
Митрополит всея России Максим. — Сергиев Посад: Тип. Снегиревой, [1894]. — 9с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1894. — № 5.
Митрополит всея России св. Петр. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, 1892. — 50 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1893. —№ 1.
Митрополит всея России Феогност. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, [1893]. — 23 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1893. — № 1.
О реформе в быте Русской Церкви: Сб. статей. — М.: Имп. о-во истории и древностей российских при Моск. ун-те, 1913. — X, 132 с. — Библиогр.: с. 129—130.
Об образе действования православных государей греко-римских в IV, V и VI веках в пользу Церкви, против еретиков и раскольников. — М.: Тип. Готье, 1859. — [2], 67 с. — Авт. установлен по изд.: Рус. анонимные и подписанные псевдонимами произведения печати… — Л., 1977. — Вып. 2. — С. 47.; То же. — 2-е изд. — М.: Иждивением моск. купца Сапелкина, Тип. Каткова, 1860. — 73 с. — Из: Творения св. Отцев в рус. пер.
Обращение всей Руси в христианство Владимиром и совершенное утверждение в ней христианской веры при его преемниках // Журнал М-ва нар. просвещения. — 1877. —Т. 190. — № 3. — Отд. 2. — С. 100—163; Т. 191. — № 5. — Отд. 2. — С. 26—47.
Ответ на статью «Московский академический историк о житии преп. Сергия», напечатанную в журнале «Странник», [подписанную буквой И]. — Сергиев Посад: Тип. Снегиревой, [1893]. — 52 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1893. — № 10 и 11.
Ответ о. протоиерею И. Г. Виноградову. — [М., 1893]. — 12 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1893. — № 8.
Отзыв о сочинении г. С. Голубева «Киевский митрополит Петр Могила и его сподвижники». Т. 1. — [СПб.]: Тип. Имп. Акад. наук. [1885]. — 17с. — Из: Отчет о двадцать седьмом присуждении наград графа Уварова…
Отзыв о труде профессора А. Д. Воронова «Кирилл и Мефодий. Главнейшие источники для истории святых Кирилла и Ме-фодия». Киев, 1878 // Записки Имп. Акад. наук. — 1880. —Т. 37. — Прил. № 4. — С. 153—161.
Отчет о заграничном путешествии (с конца мая 1872 г., полтора года) в Грецию и Славянские православные земли, для ближайшего ознакомления с внутренним бытом современной и памятниками исторической церковной жизни // Журналы Совета Московской Духовной Академии за 1884 г. — М., 1875. — С. 8—21.
Очерк истории просвещения у греков со времени взятия Константинополя турками до настоящего столетия: I. Школы. П. Писатели. — М.: Правосл. обозрение. Ценз. 1872. — 47 с. — Отт. из: Правосл. обозрение. — 1872. — № 5 (май). — С. 699—730; № 6 (июнь). — С. 818—841; № 7 (июль). — С. 35—58.
Памяти заслуженного профессора Московской Духовной Академии Петра Симоновича Казанского// Правосл. обозрение. — 1878.—Т. 1.—№ 3. — С. 499—508.
По поводу перестроя В. И. Ламанским истории деятельности Константина Философа, первоучителя славянского. — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1907. — 15с. — Отт. из: Изв. Отд-ния рус. яз. и словесности Имп. Акад. наук. — 1907. —Т. 12.
Порабощение Руси монголами и отношение ханов монгольских к Русской Церкви или к вере русских и к их духовенству. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, 1893. — 55 с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1893. —№ 7.
Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая Лавра: Жизнеописание преподобного Сергия и путеводитель по Лавре. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, 1892. — Разд. паг., 4 л. ил.: ил., пл., карт. — Библиогр. в тексте; То же. — 2-е изд., испр. и доп. — М.: Синодальная типография, 1909. — VI, 423 с.. 20 л. ил. — Библиогр.: с. 97—99.
Разбор сочинения В. Жмакина «Митрополит Даниил и его сочинения». — СПб.: Тип. Имп. Акад. наук, 1882. — 22 с. — Из: Отчет о двадцать пятом присуждении наград графа Уварова…
Речь о значении преподобного Сергия Радонежского в истории нашего монашества, произнесенная в торжественном собрании Московской Духовной Академии, бывшем 26 сентября 1892 года. — Сергиев Посад: 2-я тип. Снегиревой, 1892. — 17с. — Отт. из: Богослов, вестник. — 1892. — № 11.
Святые Кирилл и Мефодий, первоучители славянские: [Речь, произнесенная в торжественном собрании Московской Духовной Академии 6 апр. 1885 г.). — М.: Тип. Волчанинова, 1885. — [2], 69 с.
Христианство в России до Владимира Святого // Журнал М-ва нар. просвещения. — 1876. — Т. 187. — № 9. — Отд. 2. — С. 46—84 ; № 10. — Отд. 2. — С. 133—169.
Святые Константин и Мефодий — апостолы славянские.// Богословские труды. - М. 1885. - №26. - С. 91-154