Открытый диспут между Алексеем Савватеевым и Александром Панчиным

[Радомысл Волков]

Ну вот Венера, Марс, Юпитер - неизолированные системы. Там гигантские потоки энергии, большое разнообразие веществ, и это - мёртвые планеты, на которых не происходит ничего, кроме деградации.

Так дело не только в неизолированности. Величина и направление потока энергии также играют свою роль.

 

[Александр93]

Принципиально, что естественный выбор всегда направлен на понижение потенциала просто потому, что скорости сваливания на много порядков превышают скорость подъёма. Поэтому выбор пути происходит искусственным путём, через цель и план.
Точно так же происходит биосинтез в клетке. Неестественно (можно даже сказать "сверхъестественно"), потому что диктуется не внутренними причинами, а системой управления, которая только и может обойти термодинамические ограничения. И эта система управления принципиально не может быть порождением организма (см. Теорему Гёделя).

Разве это не означало бы, что и люди в процессе своей жизни должны только деградировать? Тогда как на деле человек сначала развивается и растет, а потом уже только стареет.

 

[Александр Хоменков]

Я в скобках и указал, что работы над расшифровкой функционала "мусорной" днк это самый локомотив генетики в данный момент времени. Однако эти работы не более чем над 1% (на самом деле значительно меньше) от всего объёма мусорной днк. Остальные 97% так и остаются "мусорной", там и не понятно даже теоретически что искать полезного.
Что не отрицает новых прорывных открытий в науке и пересмотра подходов и научных выводов в будущем.

Интересно узнать, откуда эти данные по поводу что "эти работы не более чем над 1% (на самом деле значительно меньше) от всего объема мусорной ДНК. Остальные 97% так и остаются "мусорной", там и не понятно даже теоретически что искать полезного".
Джон Маттик (John Mattick) – директор Института молекулярной биологии при Квинслендском университете - пишет: «Помимо интронов к генетическому «хламу» относили транспозоны и другие повторяющиеся элементы, при том, что на их долю приходится 40% генома человека. Они считались молекулярными паразитами, которые когда-то давно колонизировали наш геном.(…) Убедительные данные свидетельствуют о том, что транспозоны участвуют в регуляции работы генома высших организмов и играют ключевую роль в эпигенетическом наследовании признаков» (Маттик Дж. Программирование сложных организмов // В мире науки. 2005. № 1, с. 35).
Но может ИванВл предоставит более авторитетный источник по поводу "не более чем 1%"?
На самом деле эта проблема весьма серьезная. В работах известного популяризатора атеизма Ричарда Докинза идея мусорной ДНК занимает центральное место. В книге 2004 года «Капеллан Дьявола» он писал, что геном переполнен мусором, нефункциональными копиями, и креационистам понадобится немало времени, чтобы выдумать, для чего Творец поместил весь этот мусор в ДНК. В своей книге 2009 года «Самое грандиозное шоу на Земле» он также делает ставку на «мусорную» ДНК. «Псевдогены нужны разве только для того, чтобы раздражать креационистов».
Эти опусы были написаны Докинзом, когда уже было доказано функциональное значение не только транспозонов но и ряда других элементов "мусорной ДНК". При этом сложность функционирования этого "информационного океана" ставит в тупик современных исследователей, пишущих о том, что во внутриклеточных процессах "итоговый эффект никак не может быть выведен из механического сложения составляющих" (академик Е.Д. Свердлов. Что идет на смену биологическому редукционизму? // Химия и жизнь – XXI век. № 11. 2006, с. 33). Это вариации на тему "парадокса целостности", подробно разобранного мною в книге "Тайна живой материи" https://science-versus-myths.ru/books Что же касается инерции мышления материалистически настроенных авторов, игнорирующих научные данные в угоду своей мировоззренческой установки, то этот факт хорошо объясняется с позиции современной психологии. Здесь проявляются особенности функционирования механизма доминанты на его зрелых стадиях развития. Этот вопрос я также подробно разобрал в указанной выше книге.

 

[ИванВл]

Интересно узнать, откуда эти данные по поводу что "эти работы не более чем над 1% (на самом деле значительно меньше) от всего объема мусорной ДНК. Остальные 97% так и остаются "мусорной", там и не понятно даже теоретически что искать полезного".
Джон Маттик (John Mattick) – директор Института молекулярной биологии при Квинслендском университете - пишет: «Помимо интронов к генетическому «хламу» относили транспозоны и другие повторяющиеся элементы, при том, что на их долю приходится 40% генома человека. Они считались молекулярными паразитами, которые когда-то давно колонизировали наш геном.(…) Убедительные данные свидетельствуют о том, что транспозоны участвуют в регуляции работы генома высших организмов и играют ключевую роль в эпигенетическом наследовании признаков» (Маттик Дж. Программирование сложных организмов // В мире науки. 2005. № 1, с. 35).
Но может ИванВл предоставит более авторитетный источник по поводу "не более чем 1%"?
На самом деле эта проблема весьма серьезная. В работах известного популяризатора атеизма Ричарда Докинза идея мусорной ДНК занимает центральное место. В книге 2004 года «Капеллан Дьявола» он писал, что геном переполнен мусором, нефункциональными копиями, и креационистам понадобится немало времени, чтобы выдумать, для чего Творец поместил весь этот мусор в ДНК. В своей книге 2009 года «Самое грандиозное шоу на Земле» он также делает ставку на «мусорную» ДНК. «Псевдогены нужны разве только для того, чтобы раздражать креационистов».
Эти опусы были написаны Докинзом, когда уже было доказано функциональное значение не только транспозонов но и ряда других элементов "мусорной ДНК". При этом сложность функционирования этого "информационного океана" ставит в тупик современных исследователей, пишущих о том, что во внутриклеточных процессах "итоговый эффект никак не может быть выведен из механического сложения составляющих" (академик Е.Д. Свердлов. Что идет на смену биологическому редукционизму? // Химия и жизнь – XXI век. № 11. 2006, с. 33). Это вариации на тему "парадокса целостности", подробно разобранного мною в книге "Тайна живой материи" https://science-versus-myths.ru/books Что же касается инерции мышления материалистически настроенных авторов, игнорирующих научные данные в угоду своей мировоззренческой установки, то этот факт хорошо объясняется с позиции современной психологии. Здесь проявляются особенности функционирования механизма доминанты на его зрелых стадиях развития. Этот вопрос я также подробно разобрал в указанной выше книге.

В геноме человека около 2% ДНК кодирует белки, рибосомные и транспортные РНК, но многие другие участки генома тоже функционально значимы. Это разные некодирующие белки РНК, некоторые активные мобильные генетические элементы (МГЭ), регуляторные последовательности ДНК, связывающие белки. Данные элементы ДНК могут участвовать в регуляции экспрессии генов, иммунном ответе, обуславливать структуру хромосом, особенности расположения хромосом в ядре. Но очевидно, что и мусорных последовательностей в ДНК человека предостаточно — псевдогены, длинные повторы, эндогенные ретровирусы и другие "мёртвые" и активные МГЭ.
Доля функционально значимой ДНК в геноме человека — вопрос дискуссионный. Ответ зависит от определения понятия "функциональная значимость": что это такое — любая наблюдаемая биохимическая активность ДНК, текущая значимость для фенотипа или определённая степень эволюционной консервативности участка ДНК? При этом и отклонение эволюции участка ДНК от нейтральной модели (некоторая консервативность) ещё не указывает на наличие функции, но может быть обусловлено некоторыми закономерностями эволюции генома (например, фоновым отбором при сцепленном наследовании функциональных и мусорных участков ДНК). В некоторых научных работах верхний предел функциональной ДНК для человека оценивается в 15%, исходя из скорости мутагенеза и возможностей очищающего отбора, обусловленного репродуктивными возможностями homo sapiens. Но если учитывать, что очищающий отбор идёт и на раннем этапе эмбриогенеза, и на этапе созревания половых клеток (имеет невысокую цену), то, возможно, что функцию (значимость для фенотипа) могут иметь более 15% гнома человека.
Все текущие научные работы реально над значительно меньшим объёмом мусорного ДНК чем 1%.
Вообщем то, что 98% ДНК-мусор, это да. Но он нужен нам.
Только расшифровывать и изучать его будут не одно поколение учёных.

 

[Александр Хоменков]

В геноме человека около 2% ДНК кодирует белки, рибосомные и транспортные РНК, но многие другие участки генома тоже функционально значимы. Это разные некодирующие белки РНК, некоторые активные мобильные генетические элементы (МГЭ), регуляторные последовательности ДНК, связывающие белки. Данные элементы ДНК могут участвовать в регуляции экспрессии генов, иммунном ответе, обуславливать структуру хромосом, особенности расположения хромосом в ядре. Но очевидно, что и мусорных последовательностей в ДНК человека предостаточно — псевдогены, длинные повторы, эндогенные ретровирусы и другие "мёртвые" и активные МГЭ.
Доля функционально значимой ДНК в геноме человека — вопрос дискуссионный. Ответ зависит от определения понятия "функциональная значимость": что это такое — любая наблюдаемая биохимическая активность ДНК, текущая значимость для фенотипа или определённая степень эволюционной консервативности участка ДНК? При этом и отклонение эволюции участка ДНК от нейтральной модели (некоторая консервативность) ещё не указывает на наличие функции, но может быть обусловлено некоторыми закономерностями эволюции генома (например, фоновым отбором при сцепленном наследовании функциональных и мусорных участков ДНК). В некоторых научных работах верхний предел функциональной ДНК для человека оценивается в 15%, исходя из скорости мутагенеза и возможностей очищающего отбора, обусловленного репродуктивными возможностями homo sapiens. Но если учитывать, что очищающий отбор идёт и на раннем этапе эмбриогенеза, и на этапе созревания половых клеток (имеет невысокую цену), то, возможно, что функцию (значимость для фенотипа) могут иметь более 15% гнома человека.
Все текущие научные работы реально над значительно меньшим объёмом мусорного ДНК чем 1%.
Вообщем то, что 98% ДНК-мусор, это да. Но он нужен нам.
Только расшифровывать и изучать его будут не одно поколение учёных.

Так если эти 98% процентов ДНК необходимы для функционирования клетки, какой смысл называть его "мусором"? Только для того, чтобы отдать дань заблуждениям прошлых лет по поводу того, что он накопился вследствие случайных генетических процессов прошлого? И по поводу "мертвых" генетических элементов. Врачи шутят - здоровых людей нет, есть недообследованные. Эту логику можно перенести и на элементы "мусорной" ДНК. Новые исследования постоянно раскрывают функциональную значимость того или иного элемента "генетического мусора". Это касается и такой "твердыни" эволюционных упований, какими являются эндогенные ретровирусы. В настоящее время уже не вызывает сомнения тот факт, что: «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования» (Алипкина С.И., Налобин Д.С., Краснов М.С., Галиакберова А.А., Трошев Д.В., Богуславский Д.В. Роль эндогенных ретровирусов в процессе доместикации // Успехи современной биологии. 2021. Том 141. № 1, с. 14). В целом можно говорить о том, что чем глубже наука проникает в тайны живой клетки, тем меньше остается простора для материалистических, пантеистических и эволюционных фантазий.

 

[Олег АСВ]

Разве это не означало бы, что и люди в процессе своей жизни должны только деградировать? Тогда как на деле человек сначала развивается и растет, а потом уже только стареет.

По пути термодинамической деградации идут только самопроизвольные процессы, неуправляемые. Управляемые способны преодолевать давление термодинамических потенциалов, для чего существует набор приёмов, направляющих потоки энергии и веществ на пользу системе.
Когда люди строят ГЭС, они не мешают воде течь вниз, но заставляют её проходить через лопатки турбины и преодолевать магнитное поле обмоток. Специфическая логистика воды, логистика механического вращения, логистика расположения медных проводников и тд. Примерно так работает и организм.

Вся эта логистика зашита в памяти управляющей системы, там же зашиты целевые параметры (например гомеостаз - температура, рН растворов, концентрация гормонов и тд). Человек ещё не родился, а план его развития уже написан в ДНК и поэтапно выполняется.
И опытно мы видим, что то, что управляется разумом, способно не только не деградировать, но и развиваться. Примеры: научно-технический прогресс, социальный прогресс, культурный прогресс.

 

[Модест Матвеевич]

Так же эволюционисты говорят: сложный глаз мог постепенно преобразоваться из простого, а тот из светочувствительных клеток, а те из светочувствительных молекул. Ну "мог", и что? А дальше они совершают логическую подмену: раз "мог", значит так и было! А то, что нет никаких доказательств, так просто надо 100500 миллионов лет.

Такой вариант не требует дополнительных сущностей в виде творца, поэтому логика как раз и требует принять его как верный.

Так вот, все естественные природные процессы идут глобально в сторону понижения термодинамических потенциалов (например энергии Гиббса). Любые локальные повышения потенциалов возможны при поступлении энергии извне, но являются неустойчивыми и при первой же возможности самоликвидируются.

Так к каким именно процессам у вас претензии? Какие конкретно процессы нарушают по вашему законы термодинамики?

 

[Модест Матвеевич]

Так если эти 98% процентов ДНК необходимы для функционирования клетки, какой смысл называть его "мусором"? Только для того, чтобы отдать дань заблуждениям прошлых лет по поводу того, что он накопился вследствие случайных генетических процессов прошлого?

Но нет никаких данных, что "эти 98% процентов ДНК необходимы для функционирования клетки". Напротив, проект "минимальный геном" показал, что можно удалить из и так небольшого набора генов бактерии Mycoplasma genitalium 135 из ее 517 ген и ничего страшного с ней не случится.

Эту логику можно перенести и на элементы "мусорной" ДНК. Новые исследования постоянно раскрывают функциональную значимость того или иного элемента "генетического мусора". Это касается и такой "твердыни" эволюционных упований, какими являются эндогенные ретровирусы. В настоящее время уже не вызывает сомнения тот факт, что: «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования» (Алипкина С.И., Налобин Д.С., Краснов М.С., Галиакберова А.А., Трошев Д.В., Богуславский Д.В. Роль эндогенных ретровирусов в процессе доместикации // Успехи современной биологии. 2021. Том 141. № 1, с. 14).

Из названия можно сделать вывод, что все ЭВР играют важную роль и тд, но это не так. В тексте статьи читаем:

"Из них ЭРВ и ретротранспозоны с LTR составляют 8 и 10% этих геномов соответственно. Как часть генома организма ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации."
https://sciencejournals.ru/view-article/?j=uspbio&y=2021&v=141&n=1&a=UspBio2101017Alipkina

То есть в основном ЭВР не функционируют никак. Да и те, что функционируют, далеко не все не факт, что просто полезны, не говоря о необходимости.

В целом можно говорить о том, что чем глубже наука проникает в тайны живой клетки, тем меньше остается простора для материалистических, пантеистических и эволюционных фантазий.

Как раз ЭВР это такая штука, которую чрезвычайно сложно объяснить вне рамок "эволюционных фантазий". Очень странное инженерное решение вставлять в одни и те же участки геномов совершенно разных видов одни и те же неработающие вставки, до крайности напоминающие вирусы.

Ну или можно посчитать вероятности того, что одинаковые вирусы закреплялись у разных видов в одних и тех же участках генома, это как раз про мусорную кучу и боинг.

 

[Александр Хоменков]

Но нет никаких данных, что "эти 98% процентов ДНК необходимы для функционирования клетки". Напротив, проект "минимальный геном" показал, что можно удалить из и так небольшого набора генов бактерии Mycoplasma genitalium 135 из ее 517 ген и ничего страшного с ней не случится.


Из названия можно сделать вывод, что все ЭВР играют важную роль и тд, но это не так. В тексте статьи читаем:

"Из них ЭРВ и ретротранспозоны с LTR составляют 8 и 10% этих геномов соответственно. Как часть генома организма ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации."
https://sciencejournals.ru/view-article/?j=uspbio&y=2021&v=141&n=1&a=UspBio2101017Alipkina

То есть в основном ЭВР не функционируют никак. Да и те, что функционируют, далеко не все не факт, что просто полезны, не говоря о необходимости.


Как раз ЭВР это такая штука, которую чрезвычайно сложно объяснить вне рамок "эволюционных фантазий". Очень странное инженерное решение вставлять в одни и те же участки геномов совершенно разных видов одни и те же неработающие вставки, до крайности напоминающие вирусы.

Ну или можно посчитать вероятности того, что одинаковые вирусы закреплялись у разных видов в одних и тех же участках генома, это как раз про мусорную кучу и боинг.

На счет того, что "в основном ЭРВ не функционируют никак" - могу повторить ту же цитату: «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования» (Алипкина С.И., Налобин Д.С., Краснов М.С., Галиакберова А.А., Трошев Д.В., Богуславский Д.В. Роль эндогенных ретровирусов в процессе доместикации // Успехи современной биологии. 2021. Том 141. № 1, с. 14). Если этого мало, вот другие цитаты:
«ERV специфически экспрессируются в различных тканях млекопитающих и могут иметь уникальные физиологические роли» (Arimi et all., 2006, p. 106). Arimi M.M., Nyachieo A., Langat D.K., Abdi A.M. and Mwenda J.M. 2006. Evidence for expression of endogenous retroviral sequences on primate reproductive tissues and detection of crossreactive ERVs antigens in the baboon ovary: a review. East African Medical Journal 83, no. 2:106–112. https:/DOI:10.4314/eamj.v83i2.9397
В частности, «ЭРВ можно найти в плаценте самых разных животных. Но что особенно интересно, в экспериментах на мышах было показано, что если подавить активность ЭРВ, то вынашивание невозможно» (Шкроб, 2009, с. 10 ). Шкроб М.А. Когда б вы знали из какого сора… // Химия и жизнь. 2009. № 10. С. 8–11.
На эту же тему: "Отдельные элементы ЭРВ относятся к мобильным генетическим элементам –
ретротранспозонам, участвующим в регуляции активности генов" (Киселев, 2013, с. 106).
"Мобильные диспергированные генетические элементы играют важнейшую роль в
регуляции экспрессии генов животных и человека и вовлечены в процессы транскрипционного
и посттранскрипционного редактирования путём репрограммирования некодирующего
транскриптома" (Киселев, 2013, с. 108). Киселев О.И. Эндогенные ретровирусы: структура и функции в геноме человека // Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58. № 1. С. 102–115.
По поводу: "странного инженерного решения вставлять в одни и те же участки геномов совершенно разных видов одни и те же неработающие вставки, до крайности напоминающие вирусы". Лично мое мнение: здесь мы встречаемся с вариациями на тему "универсального генома". См., например: http://www.goldentime.ru/hrs_text_041.htm Геномы разных организмов действительно содержат весьма схожие последовательности ДНК. Моя трактовка этого явления здесь: https://science-versus-myths.ru/эхо-творения/ Эта трактовка подразумевает, кстати, возможность не только нахождения ЭРВ в одинаковых локусах гомологичных хромосом, но и наличие неполной редукции человеческого генома, положенного в основу "проектирования" всего многообразия живых существ, что и наблюдается на практике в факте наличия "генетической избыточности" у разных организмов. Такая "генетическая избыточность" допускает и возможность существования "неработающих" (или "частично неработающих") генов. Это к теме о возможности удаления "из и так небольшого набора генов бактерии Mycoplasma genitalium 135 из ее 517 ген". Кстати, хорошо бы ссылку на первоисточник - информация интересная.

 

[Модест Матвеевич]

На счет того, что "в основном ЭРВ не функционируют никак" - могу повторить ту же цитату: «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования»

А зачем вы это повторяете? Полагаете ваше повторение как-то изменит факт, отраженный в статье на которую вы и ссылаетесь?
А именно, что ""Из них ЭРВ и ретротранспозоны с LTR составляют 8 и 10% этих геномов соответственно. Как часть генома организма ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации."
https://sciencejournals.ru/view-article/?j=uspbio&y=2021&v=141&n=1&a=UspBio2101017Alipkina

То есть в основном ЭВР не функционируют никак. Да и те, что функционируют, далеко не все не факт, что просто полезны, не говоря о необходимости.

По поводу: "странного инженерного решения вставлять в одни и те же участки геномов совершенно разных видов одни и те же неработающие вставки, до крайности напоминающие вирусы". Лично мое мнение: здесь мы встречаемся с вариациями на тему "универсального генома". См., например: http://www.goldentime.ru/hrs_text_041.htm Геномы разных организмов действительно содержат весьма схожие последовательности ДНК. Моя трактовка этого явления здесь: https://science-versus-myths.ru/эхо-творения/

Так еще раз. С инженерной точки зрения в чем смысл вставлять в геном никак не работающие участки? Зачем нужна эта генетическая избыточность?

Это к теме о возможности удаления "из и так небольшого набора генов бактерии Mycoplasma genitalium 135 из ее 517 ген". Кстати, хорошо бы ссылку на первоисточник - информация интересная.

Пожалуйста:
минимальный геном вики

Надо полагать, вы никак не будете защищать свое утверждение про "98% процентов ДНК необходимых для функционирования клетки"?

 

[Александр Хоменков]

А зачем вы это повторяете? Полагаете ваше повторение как-то изменит факт, отраженный в статье на которую вы и ссылаетесь?
А именно, что ""Из них ЭРВ и ретротранспозоны с LTR составляют 8 и 10% этих геномов соответственно. Как часть генома организма ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации."
https://sciencejournals.ru/view-article/?j=uspbio&y=2021&v=141&n=1&a=UspBio2101017Alipkina

То есть в основном ЭВР не функционируют никак. Да и те, что функционируют, далеко не все не факт, что просто полезны, не говоря о необходимости.


Так еще раз. С инженерной точки зрения в чем смысл вставлять в геном никак не работающие участки? Зачем нужна эта генетическая избыточность?


Пожалуйста:
минимальный геном вики

Надо полагать, вы никак не будете защищать свое утверждение про "98% процентов ДНК необходимых для функционирования клетки"?

За ссылку спасибо. Но сам факт наличия некоторой части нефункциональной ДНК в геноме организма, которая к тому же является явно избыточной, как я уже писал, вполне укладывается в концепцию "неполной редукции" человеческого генома, положенного в основу "проектирования" всего многообразия биосферы. И таких фактов более чем достаточно. Профессор М. Шерман, в частности, пишет о том, что у одного из представителей типа книдарий, включающего в себя такие организмы, как кораллы, медузы, актинии, имеется парадоксально сложная система «регуляторных генов и сигнальных путей», несмотря на то, что это существо имеет всего «несколько типов тканей и простейшую из сохранившихся нервных систем, состоящую из морфологически однородной нервной сети»[Sherman, 2007, p. 1874]. На эту же тему: был исследован геном у трихоплакса, представляющего собой бесформенный комок слизи размером в 2–3 мм, который лишен «каких-либо органов, не имеет нервных, мышечных, рецепторных клеток»[Алешин, Петров, 2002, с. 200.]. Оказалось, что у этого существа имеется геном, сопоставимый по своей сложности с гораздо более высокоорганизованными жизненными формами. Этот геном мог бы регулировать у этого существа такие функции, которых у него нет[Srivastava M. et al, 2008].

---

При этом генетическая избыточность «примитивных» организмов заключает в себе определенное отражение «человеческих параметров». Так, международная группа исследователей под руководством Пира Борка (Peer Bork), опубликовала работу с весьма показательным названием: «У самых ранних животных были гены, сходные с человеческими» (https://www.embl.org/news/science/the-earliest-animals-had-human-like-genes Все эти факты, по словам Шермана, «очень трудно объяснить в контексте дарвинистских идей» (Sherman, 2007, p. 1875). Ведь эти идеи подразумевают именно генетические изменения в виде движущей силы предполагаемого эволюционного процесса. В ходе этих гипотетических изменений должны были бы появляться новые гены, и геном постепенно возрастал бы в своей сложности. Один из самых авторитетных апологетов дарвинизма ХХ столетия Эрнст Майер в свое время сделал следующий прогноз: «Все, что известно о генной философии, делает очевидной совершенную тщетность поисков гомологичных генов, за исключением случая очень близких родственников» (цит. по: Гилберт и др., 1997, с. 334). Если следовать логике Майера, то «очень близкими родственниками человека» являются не только черви-нематоды и мухи-дрозофилы, но и бактерии. Построенная на эволюционной идее «генная философия» Майера явно не работает.
Если же подходить к этой проблеме в позиции "неполной редукции" человеческого генома, положенного в основу "проектирования" биосферы, то все становится на свои места. Некоторая нефункциональная избыточность геномов является следствием "дизайнерской сдержанности": лучше оставить в геноме некоторую избыточность, чем удалить из него нечто важное, или хотя не очень важно, но что может при определенных условиях пригодиться. К этой проблеме надо подходить, скорее, "не с инженерной точки зрения", но с позиции компьютерного программирования, когда надо написать огромное количество функциональных программ на основании более полного програмного образца. Такая стратегия вполне укладывается в логику одновременного "проектирования" всего многообразия живых существ, подчиненных иерархичным принципам, отраженным в классификационной системе Линнея: каждый таксон может содержать в себе "в непроявленном виде" признаки таксона более высого порядка.
Ну и по поводу того, что "ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации." В другой части этой же статьи читаем (цитирую третий раз): «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования». Похоже, что когда слишком много авторов у статьи, то то, что у одних выглядит как скромное "некоторые функции", у других - как "регуляция множества генов". Думаю, вторая фраза - это отражение реальности, а первая - дань эволюционной идеологии. Впрочем, не менее интересно то, как вы связываете наличие "делеций и мутаций" с невозможностью выполнения "регуляции экспресии множества генов"?
Литература:
Алешин В.В., Петров Н.Б. Молекулярные свидетельства регресса в эволюции многоклеточных животных // Журнал общей биологии. 2002. Т. 63. № 3. С. 195–208.
Гилберт С.Ф., Опиц Д.М., Рэф Р.А. Новый синтез эволюционной биологии и биологии развития // Онтогенез. 1997. Т. 28. № 5. С. 325–343.
Sherman M. Universal Genome in the Origin of Metazoa. Thoughts About Evolution // Cell Cycle 2007;6(15):1873–77. https://doi.org/10.4161/cc.6.15.4557.
Srivastava M., Begovic Е., Chapman J. et al. The Trichoplax genome and the nature of placozoans. Nature. 2008;454(7207):955–60. https://doi.org/10.1038/nature0719

---

 

[Модест Матвеевич]

За ссылку спасибо. Но сам факт наличия некоторой части нефункциональной ДНК в геноме организма, которая к тому же является явно избыточной, как я уже писал, вполне укладывается в концепцию "неполной редукции" человеческого генома, положенного в основу "проектирования" всего многообразия биосферы.

Очень интересно. То есть геном редуцировался (последовательно упрощался), а организмы при этом наоборот последовательно совершенствовались. Попахивает бредом.

Если у вас в Кембрии появляется универсальный содержащий всевозможные гены геном, так самые совершенные организмы и должны появится там же в Кембрии. Нет?

И таких фактов более чем достаточно. Профессор М. Шерман, в частности, пишет о том, что у одного из представителей типа книдарий, включающего в себя такие организмы, как кораллы, медузы, актинии, имеется парадоксально сложная система «регуляторных генов и сигнальных путей», несмотря на то, что это существо имеет всего «несколько типов тканей и простейшую из сохранившихся нервных систем, состоящую из морфологически однородной нервной сети»[Sherman, 2007, p. 1874]. На эту же тему: был исследован геном у трихоплакса, представляющего собой бесформенный комок слизи размером в 2–3 мм, который лишен «каких-либо органов, не имеет нервных, мышечных, рецепторных клеток»[Алешин, Петров, 2002, с. 200.]. Оказалось, что у этого существа имеется геном, сопоставимый по своей сложности с гораздо более высокоорганизованными жизненными формами. Этот геном мог бы регулировать у этого существа такие функции, которых у него нет[Srivastava M. et al, 2008].

Так эти виды имеют такую же длинную эволюционную историю, как и человек. Что им мешало "отрастить" себе что-нибудь сложное?

При этом генетическая избыточность «примитивных» организмов заключает в себе определенное отражение «человеческих параметров».

В том-то и дело, что организмы эти не такие уж примитивные.

Так, международная группа исследователей под руководством Пира Борка (Peer Bork), опубликовала работу с весьма показательным названием: «У самых ранних животных были гены, сходные с человеческими» (https://www.embl.org/news/science/the-earliest-animals-had-human-like-genes

И? Есть гены присущие вообще всем живым организмам.

Все эти факты, по словам Шермана, «очень трудно объяснить в контексте дарвинистских идей» (Sherman, 2007, p. 1875). Ведь эти идеи подразумевают именно генетические изменения в виде движущей силы предполагаемого эволюционного процесса. В ходе этих гипотетических изменений должны были бы появляться новые гены, и геном постепенно возрастал бы в своей сложности.

А геном и возрастал в своей сложности в целом. Но есть группы очень важных генов, например нох-гены, их поломка ведет к немедленной гибели организма, соответственно отбором они сохраняются как есть и очень сильно похожи у всех групп животных.

Один из самых авторитетных апологетов дарвинизма ХХ столетия Эрнст Майер в свое время сделал следующий прогноз: «Все, что известно о генной философии, делает очевидной совершенную тщетность поисков гомологичных генов, за исключением случая очень близких родственников» (цит. по: Гилберт и др., 1997, с. 334). Если следовать логике Майера, то «очень близкими родственниками человека» являются не только черви-нематоды и мухи-дрозофилы, но и бактерии. Построенная на эволюционной идее «генная философия» Майера явно не работает.

Да, если он в самом деле это говорил, то ошибся.

К этой проблеме надо подходить, скорее, "не с инженерной точки зрения", но с позиции компьютерного программирования, когда надо написать огромное количество функциональных программ на основании более полного програмного образца.

Хорошо, какой прок с позиции "компьютерного программирования" в неработающих участках, которые представляют собой не рабочие гены, а бессмысленные повторы.

Ну и по поводу того, что "ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции, хотя их нуклеотидные структуры в основном демонстрируют делеции и/или мутации." В другой части этой же статьи читаем (цитирую третий раз): «Эндогенные ретровирусы (ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека, вовлечены в процессы транскрипционного и посттранскрипционного редактирования».

И? Тут нет никакого противоречия. Не сказано же, что все играют. Некоторые играют, а вы додумываете себе.

Похоже, что когда слишком много авторов у статьи, то то, что у одних выглядит как скромное "некоторые функции", у других - как "регуляция множества генов".

Нет, это одно и тоже. Просто ЭВР очень много, даже некоторых. 8% генома человека, что вы хотите.

Кстати помимо пользы, которую приносят некоторые, некоторые продолжают вредить. Читаем там же:

"Было показано, что некоторые ЭРВ могут вызывать аутоиммунные заболевания у человека. Эти ЭРВ обычноназывают современными ЭРВ, поскольку ониинтегрируются в геном хозяина после процессавидообразования и тесно связаны с экзогеннымивирусами, которые все еще контагиозны. Некоторые современные ЭРВ способны производитьинфекционный вирус из-за отсутствия инактивирующих мутаций"
https://sciencejournals.ru/cgi/getP...&vol=141&iss=1&file=UspBio2101017Alipkina.pdf

Думаю, вторая фраза - это отражение реальности, а первая - дань эволюционной идеологии.

Просто вы читаете, только то, что вас устраивает. Так можно что угодно обосновать, только к реальности никакого отношения иметь не будет.

Впрочем, не менее интересно то, как вы связываете наличие "делеций и мутаций" с невозможностью выполнения "регуляции экспресии множества генов"?

А почему вы решили, что я это связываю? Еще раз. ЭВР большей частью поломаны и являются частью мусорной ДНК, но есть рабочая часть в которой, в свою очередь, есть часть, которая приносит пользу. Вот эта часть и выполняет регуляцию множества генов.

 

[Олег АСВ]

Такой вариант не требует дополнительных сущностей в виде творца, поэтому логика как раз и требует принять его как верный.

Логика ничего ни от кого не требует. Логика работает примерно так: житель Петербурга оказался в Москве. Он мог туда приехать на поезде, мог на автомобиле, мог на катере, мог прилететь на самолёте, мог прийти пешком. Из того, что он мог приехать на поезде не следует, что он действительно приехал именно на поезде.
Точно так же и с глазом. Из того, что он мог (чисто теоретически) образоваться из морковки, никак не следует, что он образовался именно из неё.
Так что советую Вам подружиться с логикой и не мучать её понапрасну.

Так к каким именно процессам у вас претензии? Какие конкретно процессы нарушают по вашему законы термодинамики?

У меня нет претензий ни к каким процессам. У управляемых и неуправляемых (спонтанных, самопроизвольных) процессов принципиально разная динамика.
Неуправляемые процессы текут случайным образом и приводят систему в устойчивое состояние. Управляемые процессы происходят по определённому плану, благодаря которому могут привести систему в неустойчивое состояние.
Любой живой организм термодинамически неустойчив (и норовит заболеть или помереть при нарушении управления), любой движущийся автомобиль термодинамически неустойчив (и норовит свалиться в кювет или заржаветь при нарушении управления), и тд.

 

[Модест Матвеевич]

Логика ничего ни от кого не требует. Логика работает примерно так: житель Петербурга оказался в Москве. Он мог туда приехать на поезде, мог на автомобиле, мог на катере, мог прилететь на самолёте, мог прийти пешком. Из того, что он мог приехать на поезде не следует, что он действительно приехал именно на поезде.
Точно так же и с глазом. Из того, что он мог (чисто теоретически) образоваться из морковки, никак не следует, что он образовался именно из неё.
Так что советую Вам подружиться с логикой и не мучать её понапрасну.

Конечно требует. Бритва Оккама, не слышали?
Так вот этот принцип требует отсекать лишние сущности и отдавать предпочтение наиболее простой гипотезе. Поэтому там где все могло произойти само Творца привлекать не следует.

У меня нет претензий ни к каким процессам. У управляемых и неуправляемых (спонтанных, самопроизвольных) процессов принципиально разная динамика.

С чего вы такое взяли?

Неуправляемые процессы текут случайным образом и приводят систему в устойчивое состояние. Управляемые процессы происходят по определённому плану, благодаря которому могут привести систему в неустойчивое состояние.
Любой живой организм термодинамически неустойчив (и норовит заболеть или помереть при нарушении управления), любой движущийся автомобиль термодинамически неустойчив (и норовит свалиться в кювет или заржаветь при нарушении управления), и тд.

Так и? Я читая ваши сообщения понял так (поправьте меня, если я ошибаюсь) что вы каким-то образом критикуете эволюционное происхождение сложных органов с точки зрения термодинамики. Хотелось бы поподробнее услышать, с чем конкретно вы не согласны, какие процессы приведшие к возникновению этих органов вы считаете невозможными и главное почему.

 

[Олег АСВ]

Конечно требует. Бритва Оккама, не слышали?

Слышали.

этот принцип требует отсекать лишние сущности и отдавать предпочтение наиболее простой гипотезе.

Во-первых, отдавать предпочтение - не значит доказать.
Во-вторых, с чего это Вы взяли, что "само слепилось из того, что было" - это наиболее простая гипотеза?
"- Скажите, как вы делаете кораблики в бутылках?
- Насыпаем в бутылки щепки, нитки, тряпочки - и сильно встряхиваем. Обычно ерунда получается, но иногда выходят кораблики ".

там где все могло произойти само

Когда Вы найдёте на огороде кусок алюминиевой проволоки, Вы конечно можете утверждать, что она произошла сама, тем более, что Вы не видели, чтобы кто-то её изготавливал и вообще считаете, что металлурги - это мифические существа, выдуманные жадными попами для обмана лохов.

С чего вы такое взяли?

С того, что я немножко знаком с термодинамикой и представляю траектории систем в фазовом пространстве.

какие процессы приведшие к возникновению этих органов вы считаете невозможными и главное почему

Любой орган является согласованной системой, требуется согласование биохимических реакций как внутри него (а этих реакций там много, идут они параллельно и нередко конкурируют между собой по производимым эффектам), так и с другими органами и системами организма. Поэтому обязательно существует система управления, в которой зашиты параметры гомеостаза, способы реагирования на их изменения и чертежи молекул-регуляторов.
И управляющая система обязательно очень специальным образом организует пространство: строит внутри клетки, внутри органа и внутри организма фабрики гормонов, датчики и пр. Изоляция реактора для синтеза молекул обязательна! Иначе ничего не получится, только локально можно создать термодинамический "навес" для получения молекул с большим термодинамическим потенциалом.

Вот это и невозможно само по себе. Только под внешним управлением и по заранее существующему проекту. Неуправляемая система всегда за счёт случайных процессов переходит в состояние меньших потенциалов. Любая действующая (в частности живая) система всегда имеет повышенный потенциал. А возникновение нового органа - это ещё более значительное увеличение потенциала, что самопроизвольно невозможно.
И это не только теория (хотя и она тоже), но и обычная эмпирическая практика физики, химии и жизни.

 

[Александр Хоменков]

Очень интересно. То есть геном редуцировался (последовательно упрощался), а организмы при этом наоборот последовательно совершенствовались. Попахивает бредом.

Вы пытаетесь приспособить то, что следует из христианских представлений о принципах "проектирования" мира к эволюционным идеям. Такой подход, естественно, "попахивает бредом". Я в свое статье https://science-versus-myths.ru/эхо-творения/ писал совершенно об ином - об общих идеальных принципах, положенных в основу мироустроения - почитайте внимательнее эту статью. Человеческая природа является "идеальным образцом", в соответствии с которым был спроектирован наш мир. Все идеальные планы живых существ в своей основе являются следствием редукции идеального плана человеческой природы (естественно с определенными коррекциями и добавлениями). И "неполная редукция человеческого генома", проявляемая у различных таксонов живых существ, - это всего лишь следствие такого "проектирования". Такой подход, естественно, отвергает эволюцию, как ее отвергают многие современные ученые, способные к независимому мышлению. Творение мира, в соответствии с такими представлениями, шло "не по законам нашего мира", которые к эволюцинному усложнению материи явно не приспособлены (вспомните о втором начале термодинамики или о механизме репарации ДНК), но непосредственным Божественным произволением, недоступным для научного изучения.

Такой подход, способен объяснит некоторые биологические факты, ставящие в тупик современных ученых. Например - наличие альтруизма в дикой природе или же способность птиц петь в соответствии с законами гармонии - я об этом писал в этой же статье. С позиции этого подхода гораздо лучше (по сравнению с эволюционным) объясняются и другие биологические закономерности (подробнее: https://science-versus-myths.ru/2004-птицы-динозавры-и-философские-пробл/ https://science-versus-myths.ru/2005-возможна-ли-теоретическая-биология/ https://science-versus-myths.ru/2006-неоправданные-стереотипы-о-некотор/ ) Более того, такой подход соответствует и той переориентации от "линии Демокрита" к "линии Платона", о котором заявила на своих передних рубежах физика (об этом в моей книге "Тайна живой материи" https://science-versus-myths.ru/тайна-живой-материи-фрагменты-книги/ ). Суть этого подхода В.Н. Тростников выразил в следующих словах: «Только признав главной мировой реальностью умозрительное, мы обретаем шанс понять поведение чувственно воспринимаемого». Нобелевский лауреат Жан Перрен также писал по поводу плодотворности такого подхода: путь к любому научному достижению заключается в «объяснении сложного видимого (явления) какими-то простыми невидимыми».

Вся многообразная сложность живой материи, в соответствии с таким подходом, хорошо объясняется простыми представлениями христианской "метафизики" о "логосных" принципах мироустроения. И на этом фоне споры о многих генетических частностях на фоне того, что мы знаем в этой области еще очень и очень мало, выглядят преждевременными и бессмысленными. В частности, это касается спора о том, как лучше выразить функцию ЭРВ: "ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции" или же , "(ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека".

 

[Модест Матвеевич]

Слышали.

Ну а тогда что ж говорите, что не требует?

Во-первых, отдавать предпочтение - не значит доказать.

Это игра в слова.
Простой пример. На орудии преступления отпечатки условно ваших пальцев, свидетели вас видели неподалеку от места преступления, а вашем жилище найдены вещи убитого. Самое простое предположение вы и есть убийца. Можно ли придумать другие варианты, сколько угодно, вы первый их и будете сочинять. Но если вы не сможете проще и достовернее объяснить эти факты, ваша вида будет считаться доказанной в суде.

Во-вторых, с чего это Вы взяли, что "само слепилось из того, что было" - это наиболее простая гипотеза?

Сущностей меньше, Творца в ней нет.

Когда Вы найдёте на огороде кусок алюминиевой проволоки, Вы конечно можете утверждать, что она произошла сама, тем более, что Вы не видели, чтобы кто-то её изготавливал и вообще считаете, что металлурги - это мифические существа, выдуманные жадными попами для обмана лохов.

Разница в том, что когда я найду эту проволоку у меня будут миллиарды кандидатов на роль агентов, положивших ее туда. В случае возникновения мозга нам не на кого это списать. Если бы вокруг нас кишели сверхцивилизации и сказочные боги, вопросов бы не было, но нетути никого. Поэтому, в этом случае вариант "само" проще.

С того, что я немножко знаком с термодинамикой и представляю траектории систем в фазовом пространстве.

Тогда вам не составит труда привести авторитетные источники подтверждающее ваше заявление.
Согласитесь, что в интернете любой может назваться знатоком термодинамики и писать при этом все что угодно.

Любой орган является согласованной системой, требуется согласование биохимических реакций как внутри него (а этих реакций там много, идут они параллельно и нередко конкурируют между собой по производимым эффектам), так и с другими органами и системами организма. Поэтому обязательно существует система управления, в которой зашиты параметры гомеостаза, способы реагирования на их изменения и чертежи молекул-регуляторов.
И управляющая система обязательно очень специальным образом организует пространство: строит внутри клетки, внутри органа и внутри организма фабрики гормонов, датчики и пр.

Изоляция реактора для синтеза молекул обязательна! Иначе ничего не получится, только локально можно создать термодинамический "навес" для получения молекул с большим термодинамическим потенциалом.
Вот это и невозможно само по себе. Только под внешним управлением и по заранее существующему проекту.

Это называется метаболизм.
Я только не понял, что невозможно? Вы полагаете, что всеми процессами происходящими в живых существах управляют откуда-то из вне их?

Неуправляемая система всегда за счёт случайных процессов переходит в состояние меньших потенциалов.

Вот здесь тоже хотелось бы ссылочку на авторитетный источник.

Любая действующая (в частности живая) система всегда имеет повышенный потенциал. А возникновение нового органа - это ещё более значительное увеличение потенциала, что самопроизвольно невозможно.
И это не только теория (хотя и она тоже), но и обычная эмпирическая практика физики, химии и жизни.

И, конечно, на это тоже. Я очень сильно сомневаюсь, что к эволюционному процессу появления новых органов возможно применить термодинамические потенциалы.

 

[Модест Матвеевич]

Вы пытаетесь приспособить то, что следует из христианских представлений о принципах "проектирования" мира к эволюционным идеям. Такой подход, естественно, "попахивает бредом". Я в свое статье https://science-versus-myths.ru/эхо-творения/ писал совершенно об ином - об общих идеальных принципах, положенных в основу мироустроения - почитайте внимательнее эту статью.

Я пытаюсь приспособить "то, что следует из христианских представлений о принципах "проектирования" мира" не к эволюционным идеям, а к фактам.
Есть факт палеонтологической летописи. В самых древнейших слоях обнаруживаются только бактерии, по мере уменьшения возраста в них последовательно появляются прочие виды организмов. Причем виды эти становятся все более и более совершенными.
И вы предлагаете, считать, что самые несовершенные морфологически, наиболее древние организмы имели при этом наиболее совершенный геном. Звучит диковато.

Кроме того, геном вообще не самое лучшее место для хранения неиспользуемой генетической информации, все что не используется будет уничтожено мутациями.

При этом никакие факты такая гипотеза лучше не объясняет. Только вводит избыточную сущность.

Человеческая природа является "идеальным образцом", в соответствии с которым был спроектирован наш мир. Все идеальные планы живых существ в своей основе являются следствием редукции идеального плана человеческой природы (естественно с определенными коррекциями и добавлениями). И "неполная редукция человеческого генома", проявляемая у различных таксонов живых существ, - это всего лишь следствие такого "проектирования".

В таком случае у человека были бы в наличии гены всех живых организмов, а это не так.

Творение мира, в соответствии с такими представлениями, шло "не по законам нашего мира", которые к эволюцинному усложнению материи явно не приспособлены (вспомните о втором начале термодинамики или о механизме репарации ДНК), но непосредственным Божественным произволением, недоступным для научного изучения.

А чем мешает эволюционному усложнению 2НТ? Сможете объяснить?

Такой подход, способен объяснит некоторые биологические факты, ставящие в тупик современных ученых. Например - наличие альтруизма в дикой природе или же способность птиц петь в соответствии с законами гармонии - я об этом писал в этой же статье. С позиции этого подхода гораздо лучше (по сравнению с эволюционным) объясняются и другие биологические закономерности (подробнее: https://science-versus-myths.ru/2004-птицы-динозавры-и-философские-пробл/ https://science-versus-myths.ru/2005-возможна-ли-теоретическая-биология/ https://science-versus-myths.ru/2006-неоправданные-стереотипы-о-некотор/ )

Проблема в том, что "такой подход" не является объяснением. Так захотел творец, пути его неисповедимы. Мы как не знали так и не знаем, как это сделано, для чего и тд.

Вся многообразная сложность живой материи, в соответствии с таким подходом, хорошо объясняется простыми представлениями христианской "метафизики" о "логосных" принципах мироустроения.

Во первых это не объяснения, с такими "объяснениями" нашего знания не прирастает.
Во вторых, ТЭ помимо объяснений выдает проверяемые предсказания, которые используются на практике. Именно это и делает ТЭ теорией, то есть подтвержденной гипотезой.

И на этом фоне споры о многих генетических частностях на фоне того, что мы знаем в этой области еще очень и очень мало, выглядят преждевременными и бессмысленными. В частности, это касается спора о том, как лучше выразить функцию ЭРВ: "ЭРВ могут потенциально проявлять некоторые функции" или же , "(ЭРВ) играют важнейшую роль в регуляции экспрессии множества генов животных и человека".

Так зачем вы преждевременно пишите про "98% процентов ДНК необходимы для функционирования клетки", если данных таких нет и близко?
А некоторые ЭВР могут как приносить вред, так и пользу, но в основном демонстрируют делеции и/или мутации, то есть не работают. Спорить тут не о чем.

 

[ИванВл]

Модест, если не ответы ИИ фундаментально и мощно... Пока в сторонке еще постою.

 

[Сергей Алексеев]

Насыпаем в бутылки щепки, нитки, тряпочки - и сильно встряхиваем. Обычно ерунда получается, но иногда выходят кораблики

Опять 25... "Скучно, девушки" (с)