Исидор был родом из Александрии, происходил из благочестивой христианской семьи. Состоял в родстве с Феофилом Александрийским. В юношеские годы Исидор удалился на Пелусиотскую гору, где жил пустынником, подражая Иоанну Крестителю. Во время путешествия в Константинополь познакомился с Иоанном Златоустом и стал его учеником, посвятив себя христианской проповеди.

В своих посланиях он обращается с наставлениями к воинам, монахам и высокопоставленным лицам духовным. Порицал арианство. Его послания, сохранившиеся в большом количестве (более 2000), начали издаваться уже с XVI века. Труды Исидора включены в 78-ой том Patrologia Graeca.

Исидор выступал в защиту Иоанна Златоуста во время гонения на него императрицы Евдоксии. После смерти святителя Иоанна Исидор убедил Феофила, архиепископа Александрийского, включить имя Иоанна в диптихи для поминания как исповедника. Исидор во время обострения споров с несторианами писал императору Феодосию II и убедил его созвать Третий Вселенский Собор для решения этого вопроса.

Исидором были перенесены из Египта в Писидию (Малая Азия) мощи преподобных Паисия Великого и Павла Фивейского.

Тропарь преподобному Исидору Пелусиотскому, глас 8

В тебе, отче, известно спасеся еже по образу: приим бо крест, последовал еси Христу / и, дея, учил еси презирати убо плоть, преходит бо / прилежати же о души, вещи безсмертней:// темже и со Ангелы срадуется, преподобне Исидоре, дух твой.

Кондак преподобному Исидору Пелусиотскому, глас 4

Денницу другую тя Церковь обретши, преславне, / твоих словес молниями освещаема, / взывает ти:// радуйся, всеблаженне Богомудре Исидоре.