В 1528 году преподобный Герасим основал Свято-Троицкий Болдинский монастырь, расположенный в 15 верстах от Дорогобужа. Этот монастырь славился строгостью жизни своих иноков, среди которых было не мало подвижников добродетели, истинных рабов Божьих. Таков был блаженный Аркадий, скончавшийся в затворе, и многие другие, основавшие впоследствии свои монастыри: Верхний Спасский в окрестностях Вязьмы; Баскаков в Свевском уезде; Вознесенский в Юхновском; Пустынно-Подлесная Никольская пустынь в Бельском уезде.
Но всех ближе по духу Герасиму был инок Антоний. Откуда он был родом и какого происхождения - неизвестно. Известно только то, что Антоний был пострижеником и любимейшим учеником преподобного Герасима. Ученик во всём старался подражать своему учителю, и после смерти Иосафата, преемника святого Герасима, всей братией единогласно избран был в игумены на его место.
Когда вологодская архиерейская кафедра, после епископа Варлаама I, стала праздной, Антоний собором Иерархов признан был достойным занять её. Игумен Болдинский, избранный на вологодскую кафедру помимо всех других архимандритов, игуменов и настоятелей монастырей, был рукоположен в епископы митрополитом Дионисием 11 октября 1586 года, затем, прибыв в Вологду, вступил в управление паствой. Только два года и две недели продолжалось его управление вологодской епархией. Но даже в этот срок он снискал у всех такую любовь и уважение, что кончина его для всех была великой потерей и несчастьем.
В последний год жизни святого Антония дошёл до него слух о чудесном явлении иконы Божьей Матери неподалёку от Вологды и о последовавших затем чудесах и исцелениях. Восприняв явление святой иконы как знак особенного благоволения и Божьей милости к пастве и пастырю, он приказал на месте явления святой иконы построить храм и устроить монастырь во славу и честь Богоматери.
Святитель, предвидя близость своей кончины, уже не надеялся дождаться окончания устройства всего храма, между тем отдаленность храма Божьего тяготила его душу. В течение многих лет, привыкнув не пропускать ни одной церковной службы, теперь, приближаясь к кончине, святитель особенно желал как можно чаще быть при богослужении и укреплять тем свою душу. Поэтому, не приступая к устройству всего храма, он поспешил устроить придельный храм святого Иоанна Крестителя, который к великой своей радости и освятил 1 октября 1588 года. Тогда же по всей вероятности, перенесён им, из ветхого деревянного собора в Софийский, гроб епископа Киприана, единственного его предшественника, скончавшегося и погребённого в Вологде, так как гроб епископа Киприана находится от северных дверей храма на первом месте, а самого Антония уже на втором.
Ещё при жизни своего учителя, преподобного Герасима (1 мая 1554 года) святой Антоний был уже в летах совершенных и удостоен священного сана (что в тогдашнее время не могло быть ранее тридцатилетнего возраста), - следовательно в год освящения храма Иоанна Крестителя ему было уже более 60 лет от роду. Но в заботах о скорейшем устроении храма, он не обращал внимания на своё здоровье, забывал свою старость, и казался бодрым и деятельным, подавая собой пример другим.
Вскоре после освящения храма святитель почувствовал в себе упадок сил, с каждым днём становился слабее и слабее и начал готовиться к смерти. Каждодневно он ходил в новоосвящённый храм ко всем церковным службам, а дома большую часть дня и ночи проводил в молитвах.
По прошествии недели, когда здоровье его ещё более расстроилось и он сильно изнемог, "в субботу на божественной литургии во свою подобную одежду оболкся", как говорит современный писатель его жизни, и всему священному собору провёл службу. Святитель был уже настолько слаб, что по окончании службы едва мог дойти до своей кельи. Но даже до последних минут своей жизни, перемогая себя, он по-прежнему с радушием и любовью принимал всех приходивших к нему, со всеми прощался и благословлял всех. Тихая, мирная, кончина его последовала в 26 день октября, со среды на четверг - в 5 часу ночи, по тогдашнему исчислению времени.
Более трёх недель тело святителя не было предано земле, пока для погребения его, по распоряжению Московского митрополита Иова, не прибыл из Ростова архиепископ Варлаам, но и в столь продолжительное время нисколько не изменилось и не предалось тлению. Архиепископ ростовский и ярославский Варлаам с настоятелями ближайших к Вологде монастырей и со всем городским духовенством, с величайшей честью 18 ноября предал земле тело святителя в Софийском соборе, возле северной стены его, на втором месте от дверей. После преставления от гроба святителя Антония происходили чудеса.
Так 23 февраля 1596 года, в понедельник, через 8 лет после преставления святителя Антония, привезли в Софийский собор жену Богдана Москвитянина Дарью Степанову, уроженку тотемскую, находившуюся в исступлении, "связану, нелепо глаголющую и песни бесовские поющую". Поставив её близ гроба святителя, велели ей молиться Богу перед святыми иконами, стоявшими на его гробнице. Когда же она, не слушаясь приказаний, не переставала петь песни и произносить безумные и неприличные слова, тогда державшие её родственники стали бить её по лицу и по глазам, чтобы удержать её от неистовства. В том же состоянии умопомешательства она была приведена и в другой раз в собор, в среду, во время чтения часов. Но когда начали совершать литургию преждеосвященных даров, страждущая внезапно пришла в здравый рассудок, со вниманием слушала пение и молилась Богу. Поэтому, по окончании литургии, тут же в соборе, у гроба святителя, была развязана и с тех пор уже не подвергалась более своему страшному недугу. О своём исцелении, со слезами благодарности святителю Антонию, она сама заявила настоятелю собора протоиерею Иоанну.
В тот же великий пост, в неделю Православия, 29 февраля, женщина по имени Фёкла принесла в собор к гробу святителя Антония дочь свою младенца Матрону, совершенно ослепшую от болезни, так что и зрачков в глазах не было видно, и просила священника Феодота отпеть панихиду по епископу Антонию. Она сказала, что дочь её стала слепой ещё на Покров и что все испробованные ей лекарства не принесли младенцу никакой пользы. По совершении панихиды, когда женщина приложила младенца к гробнице святителя, младенец на виду у всех тотчас прозрел, а когда на другой день ещё раз младенца приложили к гробнице, то не осталось даже и признаков бывшей болезни. Обрадовавшаяся мать тогда же объявила об исцелении своей дочери настоятелю собора протоирею Иоанну, лично знавшему святителя и участвовавшему в его погребении.
