Сын педагога, директора гимназии, церковного старосты. Внук кавалерийского офицера, после выхода в отставку ставшего священником. Образование
Окончил гимназию в Киеве. Четыре года учился на физико-математическом факультете, окончил историко-филологический факультет Киевского университета (1909), был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию. В 1913—1914 находился в научной командировке в Германии и Италии. Магистр философии (1915; тема диссертации: «Проблема психической причинности»). Доктор церковных наук (1948; за труд «История русской философии»).
В гимназические годы утратил веру в Бога под воздействием трудов Дмитрия Писарева, но, познакомившись с работами Владимира Соловьёва, снова стал верующим человеком. Уже в зрелые годы значительное влияние на его взгляды оказало знакомство с профессором, будущим протоиереем Сергеем Булгаковым, который, в частности, заинтересовал его творчеством Николая Гоголя как православного писателя (в «Истории русской философии» Зеньковский называл Гоголя «пророком православной культуры»). Учёный и министр
В 1908 — один из учредителей и заместитель председателя, в 1911 — председатель Киевского религиозно-философского общества. В 1910—1911 читал курсы по философии и психологии на Высших женских курсах. Был директором киевского Института дошкольного воспитания и, с 1910, председателем киевского Общества по изучению религии и философии. С 1916 — экстраординарный профессор Киевского университета по кафедре психологии. В мае-октябре 1918 был министром исповеданий в правительстве гетмана Украинской державы Павла Скоропадского. Жизнь в Югославии, Чехословакии и США
В 1920 году эмигрировал в Королевство сербов, хорватов и словенцев, в 1920—1923 — профессор философского и богословского факультетов Белградского университета, с 1921 был членом белградского кружка преподобного Серафима.
В 1923 на Общеэмигрантском педагогическом съезде был избран председателем Педагогического бюро по зарубежным русским школьным делам. В том же году участвовал в первом съезде Русского студенческого христианского движения (РСХД) в Пшерове, на котором был избран председателем РСХД. Являлся членом братства святой Софии.
В 1923—1926 годы — профессор экспериментальной и детской психологии в Высшем педагогическом институте в Праге, был директором этого института.
В 1926—1927 находился в США, где изучал проблемы религиозного образования. Жизнь во Франции
В 1927—1962 — профессор по кафедре философии, истории русской философии, психологии и апологетики Свято-Сергиевского богословского института в Париже, в 1944—1948 и 1949—1962 — декан этого института. Находился в юрисдикции митрополита Евлогия (Георгиевского). В 1933—1938 — староста Введенской церкви в Париже.
В 1927 году в Париже создал «Религиозно-педагогического кабинета по работе с православной молодёжью». Во время Второй мировой войны деятельность «Кабинета…» прекратилась[2].
С 1936 года — член епархиального совета Западноевропейского экзархата русских приходов.
В 1939—1940, в начале Второй мировой войны, находился в заключении без суда, следствия и обвинения во французской тюрьме, а затем в лагере. Затем ему было разрешено вернуться в Париж; переживания в период заключения способствовали принятию им сана священника.
22 марта 1942 года рукоположён в сан иерея и назначен помощником настоятеля Введенской церкви в Париже.
С февраля по август 1943 года — заместитель настоятеля Покровской церкви в Париже.
С июля 1943 года по август 1962 года - вновь помощник настоятеля Введенской церкви в Париже.
7 января 1944 года возведён в сан протоиерея.
В 1946 году во время разделения паствы скончавшегося митрополита Евлогия на «промосковскую» и «проконстантинопольскую», выбрал юрисдикцию Константинопольского патриархата.
Основатель Высших женских богословских курсов при Свято-Сергиевском богословском институте. В 1949—1952 — благочинный приходов Парижского округа.
В 1953—1958 года — председатель Западноевропейского экзархата русских приходов, в связи с чем 7 января 1955 года возведён в сан протопресвитера.
Скончался 5 августа 1962 года в Париже. Похоронен на кладбище Сент-Женевьев-де-Буа.