Родился в 295 г. в Александрии. До сорока лет занимался торговлей, затем принял святое крещение и удалился в пустыню. Через несколько лет подвижнической жизни он был посвящен в сан пресвитера и поставлен настоятелем монастыря, называемого «Келлии», в египетской пустыне между Нитрийской горой и скитом, в котором подвизались в безмолвии монахи-отшельники, каждый отдельно в своей келлии.
Он был самым искренним другом преподобного Макария Египетского († ок. 390–394 г.), вместе с которым в царствование Валента был изгнан из отечества. Оба Макария по своему характеру и образу жизни были весьма похожи друг на друга и имели одного и того же общего учителя и наставника — преподобного Антония Великого († 356 г.), от которого они неоднократно получали наставления для усовершенствования в добродетельной жизни. Однажды преподобным Макарию Александрийскому и Макарию Египетскому нужно было переправиться через реку Нил на большом пароме, на который взошли также два трибуна (тысяченачальника) со своею пышной свитой из войска, оруженосцев и дружинников, изукрашенных цепями и золотыми поясами. Когда эти трибуны заметили двух преподобных старцев, одетых в ветхие одежды и стоящих в углу, они восхвалили их смиренную и бедную жизнь, и один из тысячников сказал старцам: «Блаженны вы — пренебрегающие миром». Преподобный Макарий Александрийский на это ответил: «Мы, действительно, пренебрегаем миром, а над вами смеется мир. Произнесенное тобой — не по твоей воле, но пророчески, потому что мы оба называемся Макариями, то есть блаженными». Умилившись этими речами преподобного Макария Александрийского, трибун, по возвращении домой, совлек с себя свои одежды и, раздав свое имущество бедным, избрал отшельническую жизнь.
Преподобный Макарий, увеличивая свои подвиги, положил себе за правило не есть ни хлеба, ни варева, кроме жесткого проса или каких-нибудь семян, размоченных в воде. В таком воздержании преподобный прожил семь лет. Затем в течение трех лет в день съедал по небольшому куску хлеба (меньше фунта), равно и воды выпивал такой же мерой, что послужило сильным умерщвлением плоти. Употребляя все усилия, боролся преподобный и со сном, но после такого подвига говорил для назидания других: «Насколько имел силы, одолел сон, но человеческой природы, требующей сна, я не был в силах одолеть, а потому и должен был повиноваться ей». Когда преподобного Макария стал весьма сильно искушать бес любодеяния, то он, чтобы преодолеть сего врага, в течение шести месяцев нагим сидел в скитском болоте, подвергая себя укусам множества больших комаров. И когда он вернулся в свою келлию, то только по голосу узнали ученики, что это их авва Макарий.
Услыхав об очень строгом уставе жизни тавеннисиотского монастыря, где настоятелем был преподобный Пахомий Великий († 348 г.), преподобный Макарий, скрыв себя под мирской одеждой, в течение всей святой Четыредесятницы не вкушал ни хлеба, ни воды, за исключением небольшого количества сухих листьев капусты в воскресные дни. И это он делал лишь для того, чтобы и другие иноки видели, что он ест и чтобы не впасть ему в грех высокомерия. Преподобный Макарий ночью непрестанно работал и не отдыхал от трудов, ни разу во все время не сел и не лег. Стоял он, не отверзая своих уст, ни с кем не разговаривая, но в молчании всем сердцем своим, вознося молитву к Богу. Увидав такой подвиг преподобного, подвижники того монастыря были посрамлены, ибо возносились умом, гордясь своими подвигами и постом. Преподобный Макарий, показав смирение и преподав всем наставление, возвратился в свое место.
Исконный враг рода человеческого сильно озлобился на преподобного Макария за его строго подвижнический образ жизни, потому стал искушать его ум тщеславием, понуждая отправиться в Рим. Борясь с искушением, святой насыпал мешок песка, взвалил его на себя и долго ходил с этой ношей по пустыне, пока не утомил свое тело, и гордая мысль не оставила его.
Подвижнической жизнью, постом, отрешением от всего земного преподобный Макарий стяжал дар чудотворения и прозрения сокровенных мыслей людей, удостоился многих чудесных видений. Авва Макарий, будучи исполнен Божественной благодати, видел, что бесы, посещая церковное пение и монашеское собрание, над одними насмехались, наводя дремоту или помыслы; над иными же, слабейшими братьями, невнимательными к молитве, они злобно глумились, сидя на их шеях и плечах; от некоторых же иноков, если бесы начинали пред ними делать что-либо непотребное, то внезапно были отгоняемы некоей силой и более ни осмеливались ни останавливаться пред таковыми, ни проходить мимо них. Преподобный Макарий рассказывал еще другое, более дивное и ужасное, а именно, как один из подвижников святой обители, преподобный Марк, причащался Святых Таин из рук Ангелов, а нерадивые из братии получали, вместо Тела Христова, горящие угли, а преподаваемое иерейской рукой Тело Христово возвращалось обратно в алтарь. От тех же, кто были достойны святого причащения, бесы отбегали далеко. Между тем, около алтаря с иереем стоял Ангел Господень и вместе с иерейской простирал свою руку для раздаяния Божественных Тайн.
Св. Макарий прославился множеством чудес исцеления больных и одержимых бесами. После многих трудов и подвигов преподобный Макарий с миром отошел ко Господу около 394–395 гг., имея сто лет от рождения.