О жизни и делах преподобного Евдокима Ватопедского ничего не известно.
5 октября 1840 года монахи афонского монастыря Ватопед приводили в порядок братскую усыпальницу. Неожиданно кровля обвалилась, завалив один из углов усыпальницы. Иноки принялись расчищать заваленный угол и вдруг почувствовали чудесное благоухание. Освободив усыпальницу от осколков, монахи обнаружили человеческий скелет, окутанный матерчатым хитоном. Скелет находился в коленопреклонённой позе, руки были смиренно сложены на груди и держали образ Пресвятой Богородицы. Святые мощи источали такое благоухание, что оно заполнило всё вокруг. Братия монастыря сочла это знаком благоволения (по-гречески "εὐδοκία"), которое святой обрёл у Господа. Судя по одежде, он скончался в первой половине XVII века.
Архиепископ Хрисанф, обращаясь к митрополиту Григорию и братии сказал: "Самые кости наши, по разрешении от плоти, отдают земле некую дань зловонием, а сии мощи неизвестного нам угодника Божия источают райское благоухание. Из этого не следует ли заключить то, что Дух Божий, как при жизни обитал в сем угоднике, так точно и по смерти не оставил его. Итак, прославим Бога, дивного во святых Своих и почтим святого Его угодника".
Благоухающие останки были перенесены в храм. От них начались исцеления. С благословения Константинопольского патриарха братия дала святому символическое имя Евдоким, т. е. прославленный или данный по благоволению, решив, что если он не желает быть прославленным под этим именем, то явится монахам и сам назовётся.
Оставалось загадкой, как именно мощи преподобного попали в усыпальницу, ведь почившего монаха сначала предают земле, а в усыпальницу через определённое время полагают одни лишь его кости. По одной из версий, святой предвидел час своей смерти, никому ничего не сказал и, взяв икону Богородицы, укрылся в отдалённом месте усыпальницы, где тихо и смиренно отошел ко Господу.
С тех пор преподобный Евдоким Новоявленный чествуется на Афоне. От его мощей продолжает исходить благоухание, они прославились многочисленными чудесными исцелениями. По молитвам к святому исцелился один из монахов Святой Горы, страдавший чахоткой и бывший при смерти. Другой инок, Гавриил также был исцелён по молитвам к святому и в благодарность пожертвовал драгоценную серебряную раку для честной главы преподобного Евдокима.
Спустя некоторое время после обретения мощей, одному монаху из Ватопеда было видение, в котором святой поведал, что его истинное имя - Савва. Монастырская традиция продолжает отождествлять св. Евдокима с жившим в XIV века св. Саввой Ватопедским. Однако по этому поводу были высказаны сомнения, и Церковь не вынесла своего суждения по этому поводу.
