Главный храм монастыря — Богоявленский собор (1853 год).
Его основание связано с легендой. Место, где он поставлен, первоначально занимал фруктовый сад горожан Буториных. Весной, когда яблони стояли в цвету, вышедшая на крыльцо Прасковья Буторина увидела, что в сад опустились три лебедя. Так повторялось несколько лет. После продажи земли монастырю игуменья восприняла это событие как знамение, и алтари собора поместили на то место, где опускались лебеди.
Собор — образец русско-византийского стиля — возвели по проекту архитектора К. Тона. Самым ярким элементом являются огромные голубые главы с золочеными звездами. Недаром собор запечатлелся как самый яркий и счастливый образ, оставшийся в детской памяти жившей в кельях монастыря Ольги Берггольц. В 1920-е — 1930-е годы, после закрытия монастыря, храм сильно пострадал: лишился колокольни (после нее осталась изуродованная западная стена), уничтожено внутренне убранство. Таким, после всех разрушений, использования под склад, он дожил до наших дней. В 2003 году было начато возрождение.
