В миру - Пётр Иванович Кафаров, родился в селе Старошешминск, Чистопольского уезда, Казанской губернии в семье благочинного Чистопольского уезда протоиерея Ивана Григорьевича Кафарова. Был шестым из девяти детей в семье.
Начальное образование получил в Чистопольском духовном училище, которое окончил в 1832 году. Продолжил образование в Казанской духовной семинарии, а затем в Санкт-Петербургской духовной академии, куда был принят в августе 1837 года.
Не окончив полного курса духовной академии, в 1839 году пострижен в монахи с именем Палладий и зачислен в качестве иеродиакона в состав 12-й духовной миссии в Пекине. Базовые знания китайского и маньчжурского языков получил в Петербурге от архимандрита Иакинфа (Бичурина) и корреспондента Академии наук С. В. Липовцова.
В период 12-й миссии Палладий заведовал ризницей Сретенской церкви в Пекине. Его научные интересы в этот период были связаны с буддизмом и его историей.
В 1846 году Палладий был вызван в Петербург для подготовки к вступлению в должность начальника 13-й духовной миссии. По приезду проживал в стенах Александро-Невской лавры, где занимался набором сотрудников 13-й миссии, которым впоследствии преподавал китайский язык. 7 марта 1848 произведён в сан иеромонаха, 2 ноября 1848 — в сан архимандрита.
27 сентября 1849 года 13-ая миссия, возглавляемая Палладием, прибыла в Пекин.
В период 13-й миссии Палладий занимался организацией строительства библиотеки и обсерватории миссии; научные интересы его в этот период включали историческую географию, монголистику и китайский ислам.
25 мая 1859 выехал из Пекина в Россию. По возвращении в Петербург был награждён пенсией в 2000 руб. и орденом св. Владимира 3-й степени. Отказался от места настоятеля Свято-Юрьева монастыря в Новгородской губернии и уехал в Рим в качестве настоятеля посольской церкви. В Италии Палладий продолжил заниматься синологическими исследованиями. Побывал в Сорренто и имел обширные знакомства в среде русских художников. За служение в Риме пожалован драгоценным крестом от Кабинета Александра II.
29 июля 1864 года архимандрит Палладий назначен руководителем 15-й миссии в Пекине. Здесь он продолжил сотрудничество с Императорским Русским Географическим Обществом, по настоянию которого совершил экспедицию по Маньчжурии и недавно присоединённых к Российской Империи Приамурью и Приморью. Поддерживал связи с иностранными миссионерами и руководителем Российской духовной миссии в Японии архимандритом Николаем (Касаткиным). С осени 1871 года занимался подготовкой китайско-русского словаря, который не успел окончить.
В 1873 году общее собрание Русского географического общества присудило владыке Палладию золотую медаль. В 1875 Парижский конгресс географических знаний присудил ему медаль "За заслуги перед географической наукой".
Страдавший радикулитом после возвращения из экспедиции 1870-71 годов, владыка стал испытывать серьёзные проблемы с сердцем. Получив разрешение на годичный отпуск, 2 октября 1878 года покинул Пекин и отправился в Россию морем через Европу.
Архимандрит Палладий скончался 6 декабря 1878 года в Марселе от разрыва сердца. 7 декабря был отпет греческим духовенством Марселя. 2 февраля 1879 его останки перенесены в Ниццу на русское кладбище Кокад.
Владыка не оставил завещания, поэтому на деньги, имевшиеся при нём, решено было купить место на кладбище, гроб и мраморный памятник с надписью «Архимандрит Палладий, начальник Пекинской Духовной Миссии. Родился 16 Сентября 1817 года. Скончался в Марсели 6 Декабря 1878 года. Тридцать три года трудился в Китае на пользу церкви, отечества и науки».
После смерти архимандрита вышло несколько работ, принадлежащих его перу, в том числе китайско-русский словарь, оконченный П. С. Поповым при участии архимандрита Флавиана (Городецкого).
Академик В. М. Алексеев называл владыку Палладия «самым крупным синологом России и всего европейского мира XIX в…. первым учёным, применившем к синологии метод работы только по источникам, а не по стереотипичным информациям китайских энциклопедистов».
