Сын священника Ярославской губернии. Окончил в 1835 году курс Санкт-Петербургской духовной академии со степенью магистра. Два года преподавал в Тверской духовной семинарии. В 1838 году был рукоположен во священники к посольской русской церкви в Копенгагене, а после кончины в 1840 году посольского священника в Лондоне, Иакова Смирнова, был переведён в Англию. Во время Крымской войны он много послужил к поддержке и утешению русских пленных, за что ему была объявлена особая благодарность Императора Николая I. В 1859 году он был избран в корреспонденты Конференции Санкт-Петербургской Духовной Академии, «для доставления полезных сведений об открытиях на Западе, относящихся к духовной учёности».

Хорошо знакомый с английской жизнью, он был душой русской колонии в Англии. Много трудился для ознакомления англичан с Россией и с православной церковью. Евгений Попов был главным консультантом англиканского священника Джона Мэйзона Нила в работе над многотомной «Историей Православной Восточной Церкви».