Отец Илия родился в г. Курске, в 1829 году, в простой и благочестивой семье. С раннего детства обнаружил особенную любовь к посещению храма Божия и к слушанию священных книг, в особенности житий святых подвижников. Выучился читать и немного писать дома, при помощи своих родителей.
Юный Иоанн (так был он наречен во святом Крещении) благодаря благочестивым семейным порядкам был чужд греховных наклонностей, развлечений избегал. Уже в этом возрасте у него зародилось горячее желание оставить мир и посвятить себя иноческой жизни.
Избрав для себя строгий и удаленный Валаамский монастырь, Иоанн Чеботарев прибыл туда 4 января 1862 года, когда ему было 32 года от рождения. Сразу был принят в число послушников и назначен на послушание при самом монастыре. Через 2 года, а именно 13 января 1864 года, он был принят в братство монастыря.
С принятием монашеского образа он увеличил подвиги молитвы и самоотвержения. Несмотря на болезнь, несмотря на ослабевание телесных сил, он по особому благословению своих духовных отцов полагал ежедневно очень много поклонов — поясных тысячи, а земных — сотни. 16 января 1892 года последовало пострижение его в схиму с именем Илии, ровно через 30 лет жизни на Валааме.
Приобретение молитвенного духа составляло главнейший его подвиг. Но о. Илия был украшен и телесным подвигом. Никто не знал, когда и как он спал: никакого ложа в его келье не было. Потом выяснилось, что спал он в сенях на дровах. Одевался очень просто и легко, даже в холодное время.
Ему предлагался священный сан, но он по смирению решительно отказался от него, не желая оставлять пустынное житие.
Вскоре о. Илия перешел в еще более строгий скит Иоанна Предтечи на острове. Все условия здесь были чисто пустыннические, а устав постнический. Это-то и влекло сюда подвижника-пустыннолюбца, который вошел уже в старческий возраст. Старец о. Илия был постоянно углублен в духовное делание, в молитвенный подвиг, сторонился суетного, избегал малейшей возможности употребить время впустую.
На последок дней его, в конце 1893 года, Господь переселил о. Илию с Валаама в Сибирский край, именно в Верхотурский Николаевский монастырь. Причиной столь неожиданной перемены стало то, что в означенном монастыре указом Священного Синода от 4 октября 1893 года штатный устав сменялся на общежительный. Но т. к. для водворения новых порядков нужны были опытные в этом люди, то одновременно с указом в Верхотурский монастырь назначен был настоятелем иеромонах Валаамского монастыря Иов с возведением в сан архимандрита. Последний испросил себе в поддержку еще некоторых валаамских монахов, опытных в деле благоустройства обители в материальном и духовном отношении, и в их числе был приглашен схимонах Илия.
В Верхотурском монастыре о. Илия по-прежнему стремился к совершенному уединению, но вынужден был принимать множество паломников.
В конце 1900 года болезнь у него настолько усилилась, что он почти перестал принимать посетителей и стал часто приобщаться Святых Христовых Тайн.
30 ноября 1900 года он совершенно спокойно выслушал отходную молитву, затем в присутствии монастырских братии и близких, как бы засыпая, стал тихо кончаться, вздохнул и почил мирной кончиной праведника — того же 30 ноября, имея 70 лет от роду и после 38-летней иноческой жизни.
Похоронен он был за алтарем кладбищенского монастырского храма святого мученика Неофита с южной стороны. Ныне честные останки преподобного Илии пребывают в Преображенском храме монастыря.
