Родился в 1874 году в Харьковской епархии в семье священника.
10-летним отроком родители отдали его в Харьковское духовное училище. Среди своих товарищей он показался самым малым по росту. "Приехал, вспоминает он сам о себе, к нам однажды в училище приснопамятный Амвросий, архп. Харьковский. Нас - учеников в актовом зале выстроили в ряды. Владыка - архиеп., проходя по рядам, обратил внимание на меня, как самого между всеми другими маленького ученика, вывел меня на средину зала и, обратившись к сопровождавшим его лицам, сказал: "Смотрите, вот теперь самый маленький ученик, а будет архиереем". Конечно, на эти слова, как это всегда бывает в нашей жизни, никто тогда не обратил никакого внимания". После окончания училища он поступил в Харьковскую духовную семинарию, курс которой окончил в 1894 году и был определен на должность надзирателя-репетитора в духовном училище, а затем преподавателя Осиновской церковно-приходской школы. Вскорости заболел безнадежно его отец (старец-протоиерей) и он решил уже стать священником в своем родном крае. Но, Господь судил иначе. Арсений послал письмо о. Иоанну Кронштадскому с просьбой помолиться о болящем отце и о том, какой избрать ему жизненный путь.
Отец Иоанн ответил на его письмо благопожеланием о выздоровлении отца, а ему благословил избрать монашеский путь. После этого отец его вскоре поправился, а сам он принял монашество от архиепископа Амвросия (Ключарева) (пострижен в 1899 г. в мантию в Святогорской Успенской Пустыни в Харьковской епархии) и в 1899 году поступил в Московскую Духовную Академию. Когда он проезжал через Москву, то зашел в Чудов монастырь.
Здесь он приложился к раке святителя Алексия. Когда он подходил, то почувствовал необыкновенную отраду и утешение и показалось ему, что раку св. мощей окружает как бы некий лучезарный свет. С этого момента сердце его сроднилось со святителем. В трудные моменты жизни он прибегал к его помощи и всегда получал утешение.
О его епископстве предрекал еще старец Чудова монастыря игумен Герасим.
9 мая 1902 года рукоположен во иеромонаха.
В 1903 году он окончил Академию со степенью кандидата богословия. Был назначен казначеем Чудова монастыря в Московском Кремле, а в следующем году – наместником этой обители с возведением в сан архимандрита.
Митрополит Владимир скоро оценил духовные дарования и административные способности нового наместника. И, действительно, за время пребывания в этой должности архимандрит Арсений сделал много полезного для монастыря, обратив эту обитель в рассадник духовного просвещения для всей Москвы. Своим истовым служением он всегда привлекал большое число молящихся в Чудов монастырь. Идя навстречу духовным потребностям богомольцев, он предпринял издание "Духовных Дневников", которые ценились верующими людьми за свою содержательность. Помимо этого, архим. Арсений занимался изданием разных брошюр духовно-нравственного содержания. За последние три года пребывания в монастыре он при участии миссионера Айвазова начал издание для народа специальной религиозно-просветительной литературы под названием "Лепта обители Святителя Алексия". Эта "Лепта" вышла в десятках тысяч и разошлась по всему лицу Русской земли. Идя навстречу более серьезным духовным запросам русского народа, архим. Арсений, при участии того же миссионера, стал издавать с 1912 года журнал "Голос Церкви". Этот журнал считался одним из наиболее живых и содержательных богословских ежемесячников. Сам архимандрит принимал в нем не только редакционное, но и литературное участие. Дороги были сердцу будущего святителя нужды Русской православной миссии. Он открыл при Чудовом монастыре отдел Камчатского миссионерского братства и всегда откликался на нужды Московского братства Святителей Московских, не раз пригревая его собрания под кровлей Чудова монастыря.
Архимандрит Арсений проявил себя и как администратор. За немногие годы управления Чудовым монастырем он возвысил иноческую жизнь в обители и значительно улучшил материальное положение братии. С назначением его на пост епископа он сохранил связь с Чудовым монастырем, т.к. кроме пребывания в нем он сохранил и звание наместника.
8 июня 1914 г. в Алексеевском храме Чудова монастыря состоялась хиротония архм. Арсения во епископа Серпуховского, пятого викария Московской епархии. Хиротонию совершали: митр. Московский Макарий, управляющий Московским Донским монастырем архиепископ Алексий, епископ Пермский Палладий и другие епископы.
В ноябре 1916 г. переименовали в четвертого викария Московской епархии.
В 1918-19 гг. проживал в Серафимо-Знаменском скиту.
В декабре 1919 года выехал в епархию в Серпухов. С 1927 г. находился в оппозиции митр. Сергию (Страгородскому).
В 1923 году упоминается еще епископом Серпуховским.
С 1923 года епархией не управлял, но проживал в подмосковных монастырях, затем в Понетаевском и Дивеевском монастырях, а после из закрытия (1927 г.) снова под Москвой на даче.
В последние годы с 1927 года переехал на жительство в г. Арзамас.
Перед арестом проживал в с. Котельниково Ухтомского р-на Московской области. Арестован 13 апреля 1937 г. Был обвинен в руководстве и организации "контрреволюционной организации нелегальной монархической организации церковников - последователей "ИПЦ"
Расстрелян 27 сентября 1937 г.
Реабилитирован 21 мая 1956 г.
Труды автора
- Божественное достоинство лица Иисуса Христа. М., 1905;
- Древнехристианская практика причащения Св. Таин. М., 1914 (переизд.: Как причащались древние христиане. СПб., 1998);
- О священстве. М., 1914;
- Прп. Макарий Египетский. М., 1914;
- Московский священный Кремль и его святыни. М., 1917;
- Воспоминания о замечательных московских протоиереях // Правосл. путь. Джорд., 1987. С. 69-76;
- Воспоминания. М., 1995;
- О молитве Иисусовой: 33-частное поклонение Богочеловеку Христу. М., 1997;
- Духовный дневник. М., 1999.