В борьбу с мистицизмом свт. Иннокентий вступил не вдруг, а постепенно. Это, впрочем, объяснялось отчасти тем, что мистическое направление не так давно появилось в России и только с течением времени стало возрастать все более и более и все активнее формировало против себя оппозицию. В истории борьбы свт. Иннокентия с мистиками играет немаловажную роль известный архимандрит Фотий (Спасский).

Архимандрит Фотий появился в С.-Петербургской Академии в августе 1814 года, когда архимандрит Иннокентий был уже ректором семинарии. Он вместе с другими студентами был представлен ректору Академии архим. Филарету и ректору семинарии архим. Иннокентию. Ректор Академии принял вновь явившихся студентов так строго, что те «в страхе отошли от него». Архимандрит Иннокентий, напротив, отнесся к ним весьма кротко, ласково и любезно. При самом поступлении Фотий заявил себя ярым противником распространенных тогда в среде студентов Академии мистических сочинений Штиллинга. Он был настолько тверд в своих убеждениях, что товарищи дали ему прозвание «Кифа» – камень.

Летом 1815 года Фотий, еще будучи в мирском звании, стал учителем С.-Петербургской Духовной семинарии и оказался таким образом под начальством архим. Иннокентия, который, заметив в нем религиозную настроенность, приблизил его к себе, часто и подолгу беседовал с ним. Будущий святитель произвел такое сильное впечатление на Фотия, что представлялся ему как «отец и Ангел Господень». Фотий замечал все слова, действия и изучал духовные воззрения архим. Иннокентия и старался во всем подражать ему и архим. Филарету Архимандриты служили для него «двумя живыми светильниками».

В 1817 году Фотий принял монашество и поступил законоучителем во второй кадетский корпус. В бытность свою в этой должности он лицом к лицу столкнулся с людьми, зараженными модными идеями масонского мистицизма, и решился вступить в борьбу со зловерием. «Ближе всех,– говорит Фотий о себе,– был ему по сердцу архим. Иннокентий. Нередко из корпуса в праздники приходил к нему Фотий, и тот принимал его как сына, сам угощая его». Мягкий архим. Иннокентий благословлял его смело говорить истину и открытую его проповедь против мистицизма называл нередко делом Божиим⁷³.

В первый раз Фотий открыто выступил с обличением мистицизма в своем кадетском корпусе. Корпусное начальство, неизвестно на основании каких данных, усомнилось в умственных способностях своего законоучителя и, как полупомешанного человека, распорядилось отправить его на испытание в Невскую Лавру. Митрополит около четырех раз призывал к себе Фотия с целью испытать состояние его умственных способностей и в то же время убеждал его не вооружаться против мистиков и масонов. Фотий остался непреклонен.

По примеру других и сам архим. Иннокентий одно время немного сомневался в нормальном состоянии умственных способностей Фотия. Когда же у последнего не оказалось никаких признаков умопомешательства, свт. Иннокентий стал относиться к нему с особенной любовью.

Автобиография архим. Фотия. Кн. 2. Гл. 1.