Как ректор семинарии и представитель учебного заведения, архим. Иннокентий соединял в себе замечательную чуткость и деятельную активность с редкой гуманностью. Насколько позволяют судить имеющиеся под рукой данные, он высоко ценил труды преподавателей семинарии и старался выставлять их на вид перед высшим начальством, одновременно указывая на них как на пример, достойный подражания, другим, менее усердным наставникам.

Необыкновенной гуманностью о. Иннокентий отличался и по отношению к воспитанникам семинарии. Они любили его и чтили как отца, называя не иначе как «добрейшим Иннокентием», хотя в то же время боялись, так как были случаи, что за большие проступки он прибегал и к таким строгим мерам, как отчисление из семинарии⁷⁴. В ряду проступков воспитанников в то время встречались и такие, как винопитие. Но и самые строгие наказания, вызванные из ряда вон выходящими проступками учеников, всегда смягчались архим. Иннокентием. Даже в таких случаях, когда семинаристы совсем увольнялись из заведения, сердобольный ректор старался облегчать их жалкое положение. Он при удобном случае подыскивал для них занятия и помещал в такие учреждения, где они могли бы зарабатывать себе кусок хлеба⁷⁵.

О высокой степени гуманности архимандрита Иннокентия как ректора семинарии к своим питомцам свидетельствует следующий случай. Один из учеников совершил вопиющий поступок. Помимо того, он с явной грубостью трижды отказался нести заслуженное наказание, возложенное на него ректором. Архимандрит Иннокентий, уже страдавший в то время чахоткой и потому отличавшийся болезненной раздражительностью, ограничился только одним кротким отеческим увещанием ожесточившегося питомца и этим так подействовал на него, что тот залился слезами; заплакал и сам ректор. Тем дело о наказании воспитанника и окончилось. Инок Фотий, бывший свидетелем такого крайне снисходительного отношения, заметил своему духовному учителю: «Крайность неуместна и вредна. Почему ты достойно не наказал отрока за порок, между тем как Писание повелевает и раны многие детям за пороки налагать?» – «То и другое в свое время может быть благо и полезно детям,– отвечал добрый ректор на замечание.– Во всякое же время полезнее внимать в наказаниях и прещениях сему слову апостола Павла: Братия, если и впадет человек в какое согрешение, вы, духовные, исправляйте такового в духе кротости (Гал.6:1)». Одной из особенных черт о. Иннокентия как ректора семинарии служило его бескорыстие. Он не раз делал единичные денежные пожертвования в пользу беднейших воспитанников. Некоторых же из них, особенно отличавшихся благочестием и проявлявших расположение к монашеству, он принимал на свое собственное содержание, снабжал всем необходимым, помещал в своей квартире, непосредственно сам руководил их занятиями и следил за их религиозным воспитанием. Какой любовью и привязанностью платили учащиеся своему добрейшему ректору и какая крепкая нравственная связь их соединяла, становится видно из прощания святителя с семинаристами перед своим отъездом в Пензу.

Учебно-воспитательная деятельность Петербургской семинарии стояла в бытность ее ректором архим. Иннокентия на очень высоком уровне, что ясно обнаруживалось каждый раз при очередной ревизии семинарии.

В июле 1817 года в С.-Петербургскую Духовную семинарию послали в качестве ревизора ректора столичной Духовной Академии преосвященного Филарета, епископа Ревельского. В сентябре того же года он представил во внешнее правление С.-Петербургской Духовной Академии обстоятельный отчет о результатах произведенной ревизии, из которого сделаем несколько выдержек, характеризующих личность архимандрита Иннокентия.

«О состоянии учебной части в семинарии долгом считаю засвидетельствовать,– писал преосвященный Филарет в своем отчете,– что она находится на довольно высоком уровне, в добром направлении и постоянном ходе к совершенству. Богословские науки, преподаваемые архимандритом Иннокентием, несмотря на частичную ограниченность пособий, преподаны основательно и удовлетворительно. С утешением можно отметить, что духовные познания пустили корни в умах и сердцах учеников.

Часть нравственная также найдена в добром устройстве, которым она обязана неослабному вниманию обоих старших членов семинарского правления, т.е. ректора архим. Иннокентия и инспектора иеромонаха Поликарпа (Гайтанникова). В учениках не видно рассеянности или грубости, но спокойствие, послушание и внимание к своему делу».

О ректоре семинарии преосвященный Филарет дал самый лестный отзыв.

«Из лиц, начальствующих и преподающих в семинарии, первое и совершенное одобрение,– я только по возложенной на меня обязанности свидетельствую о том, что вернее и выше моего свидетельства,– принадлежит о. ректору, архимандриту Иннокентию. Правление академическое само собой могло усмотреть сие из предыдущих статей сего донесения. К числу особенных трудов его относятся: продолжаемое им издание сочиненной им «Церковной истории» и «Уроки деятельного богословия», также им самим написанные,– прочный дар духовного просвещения. Пределы моей обязанности не позволяют мне распространяться о других его трудах».

Комиссия духовных училищ, основываясь на отчете преосвященного Филарета, поручила петербургскому академическому правлению рассмотреть сочинение архим. Иннокентия «Уроки деятельного богословия» и напечатать его⁷⁶.

Записки протоиерея Виноградова. Русская старина. 1878. Август. Дело архива С.-Петербургской семинарии. 28 января 1814 г. № 17.

Дело архива С.-Петербургской семинарии. 16 сентября 1816 г. № 50. Дело по записке о. ректора семинарии об избрании трех неспособных к учению учеников для поступления в типографию Российского Библейского общества.

Дело внешнего академического правления. Сентябрь. 17. 1817. № 32. В 1821 году, уже после смерти святителя, напечатано под названием «Деятельное богословие».