Из семьи священника. Окончил Московскую духовную академию в 1880 г. Представитель церковно-исторической школы МДА, ученик ак. Е. Е. Голубинского и проф. А.П. Лебедева. Степень магистра богословия получил за диссертацию «Сочинение Факунда, епископа гермианского, в защиту 3 глав» (М., 1880). Преподаватель в Пензенской (1880-1881), Рязанской (1881-1892), Московской (1892-1899) духовных семинариях, приват-доцент Московского ун-та (1892-1899). «Руководство по истории Русской церкви» (В 4 вып. 1884-1893; 2-е изд. М., 1999) было рекомендовано для духовных семинарий и удостоено премии митр. Макария. Исследование «Солотчинский монастырь, его слуги и крестьяне в XVII в.» (М., 1888) внесло важный вклад в изучение русской экономической истории.

Профессор Новороссийского (в Одессе) (1899-1920) университета. Ректор Новороссийского университета (1915-1919). Гласный Одесской городской думы (1913-1920). Докторская диссертация «Преп. Феодор Исповедник и игумен Студийский» (в 2 тт., 1913-1914) – монументальный труд, ярко раскрывший церковную историю эпохи иконоборчества.

При советской власти в апреле 1919 г. уволен из университета, как преподаватель «клерикального» предмета. В течение июля 1919 г. находился под арестом в ЧК. Эмигрировал в Югославию в 1920 г.

Профессор Белградского университета (1920-1937). Председатель Общества русских ученых (1928-1937), Русского педагогического общества (до 1937) и Русского научного института в Югославии (1936-1937). Неопубликованными остались две большие работы, написанные в Белграде (архив Сербии. Фонд Белградского ун-та. № 432): «Курс лекций по общей истории Церкви» (на серб. яз.) был литографирован студентами (Белград, 1933); трактат «Христианские хетеродоксальные церкви (к вопросу о соединении их с православной и о intercommunio in sacris)» написан по поручению Синода Сербской церкви.

Учеником и продолжателем Доброклонского был видный церковный историк, экклезиолог протопресвитер Николай Афанасьев.

Центральная тема исследований Доброклонского – взаимоотношения церкви и государства и защита церковной свободы.