Доброго дня!
Правило писать местоимения по отношению к Богу с большой буквы отсутствует в ЦСЯ. Оно есть только в русском языке. Увы, я не могу сказать подробно (все-таки не филолог я) когда и почему это правило появилось. Но я предполагаю, что это идет с XVIII века, когда официальным языком государства был уже русский, и появилась традиция обозначать заглавными буквами особо достойных персон. В частности, все местоимения по отношению к императорской семьи полагалось писать большими буквами: МЫ, НАШЕ, ЕЕ (ИМПЕРАТОРСКОЕ ВЕЛИЧЕСТВО) и прочее.
Логично, что по отношению к Богу действовало аналогичное правило.
Кроме того, существует практическая целесообразность, чтобы не путать к кому именно обращено слово - к Богу или нет. В ЦСЯ, например, это достигается иными способами, в основном, за счет сокращения сакральных слов титлом.