Само крещение, конечно, действительно. А вот некоторые действия священника достаточно странные. По самому обрядовому смыслу, родители вообще стоят в стороне и не участвуют ни в каких священнодействиях. С большой натяжкой можно признать лишь чтение молитвы сорокового дня маме.
Ситуация, подобная Вашей, может говорить лишь о том, что священник сам взял на себя обязанности крёстного. Лично я такое не практикую, потому как большинству людей гораздо легче даётся общение с родственниками или друзьями семьи, чем со священником. А правильное воспитание молодого человека возможно лишь в обстановке полного доверия между очень близкими людьми.