Родился в семье священника Преображенской церкви села Волынь Мышцына Никанора Архиповича (1834 года рождения). Брат Василия — Мышцын Николай Никанорович (около 1870 года рождения), впоследствии священник. Василий Никанорович обучался в Рязанском духовном училище с 1876 по 1880 год, В 1880 году Мышцын поступил в Рязанскую духовную семинарию, которую окончил по первому разряду в 1886 году. В этом же году Василий Никанорович поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1890 году (2-й магистрант XLV курса). Он был оставлен профессорским стипендиантом в академии. Мышцын преподавал в Симбирской и Рязанской семинариях. Весной 1894 года он стал исполняющим должность доцента в Московской духовной академии по кафедре Священного Писания Ветхого Завета, позже преподавал церковное право в академии. За сочинение «Учение св. Апостола Павла о законе дел и законе веры» Василий Никанорович в 1894 году был удостоен степени магистра богословия и стал доцентом. С 1894 года по 1906 год Василий Никанорович был профессором академии по кафедре библиологии и кафедре истории еврейского народа. В 1900году он совершил научную поездку по Палестине, Сирии, Греции. В Иерусалиме Мышцын составил описание музея древностей, изучал историю Востока. В 1904 году он был в Риме и Неаполе, где изучал римские древности и коллекции древностей в европейских музеях. В 1905—1906 годах он работал в научном журнале Московской духовной академии, вел отдел по церковным и общественным вопросам. В 1907 году Василий Никанорович перешёл на юридический факультет Московского университета. В 1909 году Мышцын защитил докторскую диссертацию «Устройство христианской церкви в первые два века» (Сергиев Посад, 1909). В 1909 году он переехал в Ярославль и перешел работать в Демидовский юридический лицей, где был доцентом, а затем профессором до 1927 года. С 1918 года Мышцын работал в Ярославском университете. Вначале он исполнял обязанности помощника директора, затем с 1919 по 1921 года был проректором. В 1920 году он стал профессором кафедры истории религии, археологии и материальной культуры. С 1924 году Мышцын — профессор Ярославского педагогического института. В 1927 году вышел на пенсию и переехал в Сергиев, где последние годы жизни преподавал на курсах при Загорском педагогическом техникуме.

Василий Никанорович принимал участие в дискуссии о соотношении между масоретским текстом и Септуагинтой. Мышцын предпринял осторожную попытку защитить теорию Второисайи (Второисайя — условное обозначение боговдохновенного пророка, которому, согласно мнению представителей новой исагогики, принадлежат 40-55-я главы, а может быть, и главы 56-66 Книги пророка Исайи). Попытка эта вызвала резкую полемику между ним и его оппонентом Фаддеем (Успенским), сторонником единства Книги пророка Исайи.

Василий Никанорович Мышцын умер в 1936 году.