Родился 23 ноября 1839 года в семье священника Харьковской епархии. Получил образование в Ахтырском духовном училище, Харьковской духовной семинарии и Киевской духовной академии, которую окончил в 1865 году со званием магистра богословия.
В том же году утверждён в должности преподавателя философских наук в родной Академии.
13 января 1867 года утверждён в звании бакалавра.
13 июня 1869 года, на основании нового академического устава, переименован в доцента.
18 мая 1871 года утверждён, по избрании, в звании экстраординарного профессора.
7 января 1877 года, по представлении и публичной защите диссертации «Учение Платона о Божестве», – в учёном звании доктора богословия.
30 апреля того же года – в звании ординарного профессора.
До 1887 года Пётр Иванович занимал в Академии кафедру истории философии, после перемещён на кафедру логики и метафизики; кроме того, в разное время, за отсутствием или болезнью преподавателей, временно преподавал, по поручению Совета Академии, логику, метафизику, педагогику и патрологию.
С 17 января 1897 года и до кончины состоял членом академического Правления.
Скончался в Киеве 12 июня 1906 года. Отпевание возглавил ректор КДА Преосвященный Платон.
Похоронен Петр Иванович Лесницкий на кладбище Киевского Флоровского монастыря.
