Вначале Михаил обучался при митрополите Никифоре, затем в Константинополе под водительством святого Евстафия, будущего митрополита Солунского, который передал ему свою любовь к Гомеру и Пиндару. Затем святой служил в патриаршей канцелярии.

В 1182 году он был избран архиепископом Афинским.

После частых набегов пиратов Афины превратились к тому времени в небольшой городок, где народ жил в нищете как материальной, так и духовной. Святой Михаил начал с преобразований в среде духовенства. Он получил от императора податные послабления, что сделало его любимым в народе. Он жестко обличал местную знать за алчность и равнодушие к интересам провинции.

В 1204 году состоялся IV крестовый поход, приведший в конце концов к распаду Византийской империи. Лев Сгур, мятежный пелопоннесский архонт Коринфа и Арголиды, воспользовался этим и перенес свою резиденцию в Афины. Тогда митрополит встал во главе сопротивления на Акрополе, однако так и не смог помешать сожжению остальной части города.

В начале 1205 года он передал город силам крестоносцев под предводительством маркиза Бонифация Монферратского Через некоторое время Афины вошли в состав латинского Фессалоникийского королевства и стали главным городом герцогства, зависимого от короля Фессалоники. После захвата города крестоносцами архиепископ Михаил вынужден был отправиться в изгнание, его кафедру занял латинский архиепископ Берар. Афинской митрополии были подчинены ряд новых территорий в Беотии и на Коринфском перешейке. К католическому духовенству перешла прежняя резиденция митрополита на Акрополе, храм Богородицы (Парфенон) и ряд монастырей в Аттике, в то время как большинство греческих приходских священников смогли сохранить свои места и вост. обряд в богослужении, дав присягу на верность новым церковным властям.

Долго скитаясь, Михаил Хониат отклонил предложение императора Феодора Ласкариса переехать к нему в Никею и в 1207 году поселился на острове Кеос (ныне Кея) близ берегов Аттики в Кикладском архипелаге. Из ссылки он продолжал следить за тем, как идут дела в Афинской Церкви, и ободрять народ своими посланиями. Здоровье митрополита слабело, и в 1217 году он перебрался в Фессалию и удалился в Предтеченский монастырь в Водонице (ныне селение Менденица) близ Фермопил. При этом он едва спасся от франкских баронов, подозревавших его в пособничестве их врагам.

Скончался в 1222 году в Водоницком монастыре.

Почти сразу же он стал почитаться по всей Аттике.