В миру Лебединский Иван Алексеевич, родился 22 января (3 февраля) 1822 года в селе Новая Калитва Острогожского уезда Воронежской губернии в семье священника Алексея Лебединского. Родной брат Даниила, смотрителя духовных училищ и протоиерея Василия Лебединских.
В 1833 году был записан отцом в Бирюченское духовное училище, вскоре был переведен в Воронежское духовное училище, а закончил начальное образование в Павловском духовном училище в 1837 году. После обучался в Воронежской духовной семинарии, в которой кончил курс с отличным успехом в 1843 году. В этом же году на публичном экзамене в семинарии присутствовал Воронежский архиепископ Антоний (Смирницкий); он так был растроган воодушевленной речью даровитого воспитанника Ивана Лебединского, что с особенным чувством благословил его и, возложив руки на голову оратора, заметно для всех присутствовавших на экзамене, прочитал какую-то молитву. Этот знаменательный факт был предуказанием будущего высокого назначения молодого воспитанника семинарии.
Осенью 1843 года поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию.
17 мая 1847 года был пострижен в монашество с именем в честь святителя Ростовского Леонтия, 8 июня - рукоположен во иеродиакона, а 18 июля - во иеромонаха.
По окончании академии со степенью магистра богословия в этом же году был назначен профессором и помощником ректора Санкт-Петербургской духовной семинарии, а затем в том же 1847 году - профессором богословия Киевской духовной семинарии.
С 20 марта 1851 года - инспектор той же семинарии.
С 28 января 1852 года - инспектор Киевской духовной академии.
15 февраля 1853 года был возведен в сан архимандрита. В то время слыл одним из самых снисходительных семинарских ревизоров.
С 30 мая 1856 года - ректор Владимирской духовной семинарии и настоятель Переславского Данилова Троицкого монастыря.
С 9 июня 1857 года - ректор Новгородской духовной семинарии и настоятель Новгородского Антониева монастыря.
С 17 мая 1859 года - ректор Санкт-Петербургской духовной семинарии, будучи в то же время членом конференции духовной академии и внешнего академического правления.
13 марта 1860 года был хиротонисан во епископа Ревельского, викария Санкт-Петербурской митрополии.
В августе следующего 1861 года был послан Св. Синодом на освящение новосозданного трудами известного протоиерея Иосифа Васильева в Париже собора во имя Александра Невского, которое совершено было им 30-го августа с большой торжественностью. Произнесенное при сем случае преосвященным Леонтием слово было переведено на французский язык и напечатано.
Преосвященный Леонтий был первым русским архиереем, который побывал в Европе; он очаровал как французов, так и русскую колонию в Париже своим умом и обаятельным обращением, которое, по замечанию очевидцев, ускорило переход в православие известного ученого аббата и доктора богословия Рене Гетте, умершего православным священником.
В 1861-1862 годах состоял членом губернского присутствия по обеспечению духовенства Санкт-Петербургской епархии и председателем епархиального комитета по обсуждению вопросов программы по делам православного духовенства, председателем историко-статистического Комитета для описания Санкт-Петербургской епархии и Комитета для рассмотрения положения о преобразовании духовных училищ.
20 декабря 1863 года был назначен Подольским епископом. В этой епархии он много сделал полезного. Им постепенно увеличено было содержание наставников духовной семинарии, улучшены школьный быт и обстановка воспитанников семинарии, для развития вкуса которых к церковной живописи открыт был класс иконописи.
В 1864 году открыл в городе Каменце училище для девиц духовного звания и преобразовал Тульчинское женское училище, незадолго перед тем открытое по инициативе известного Петербургского протоиерея Василия Гречулевича, впоследствии Могилевского епископа Виталия. С улучшением материального быта духовенства он возвысил умственный и нравственный уровень его, уделив много внимания к искоренению следов униатских особенностей из религиозной, общественной и частной жизни духовенства. Своим нравственным влиянием епископу Леонтию удалось значительно перевоспитать духовенство Подольской епархии, хотя в письме от 20 ноября 1872 года к своему земляку, архиепископу Тульскому Никандру он писал, что "дух шляхетства и еврейскую меркантильность в духовенстве Подольской епархии не скоро еще выкурить можно". Для улучшения быта и просвещения народа он много потрудился в деле устройства церковных братств, приходских попечительств, церковно-приходских школ и приютов. В видах ослабления католической пропаганды, он настоял на закрытии епископской католической кафедры в Каменце и католической духовной семинарии; по его же настоянию были закрыты и переданы в православное ведомство и некоторые костелы. При нем же и по его инициативе учреждены были эмеритура и окружные попечительства для заштатного духовенства, для вдов и сирот духовного звания.
8 апреля 1873 года был возведен в сан архиепископа.
От постоянной борьбы с полонизмом, иезуитизмом и от разнообразных и непосильных трудов, преосвященный Леонтий, по его собственным словам, "измучился и здоровье испортил".
2 октября 1874 года был перемещен на Херсонскую кафедру. Послание его к пастырям и пастве Херсонской епархии от 25 декабря 1874 года представляет литературный памятник забот преосвященного о новой своей пастве.
16 ноября 1875 года состоялось перемещение его в Холмско-Варшавскую епархию, в самое главное средоточие полонизма, как испытанного стража и борца за православие.
С этого времени начинается блестящий период 16-летней архипастырской деятельности преосвященного Леонтия, подробное и обстоятельное изображение которой находится в изданных П.Н. Батюшковым обширных исторических описаниях Подолии и Холмской Руси.
Ему предстояла трудная и сложная задача утвердить в православной вере воссоединившихся в 1875 году униатов с православной Церковью. Для этой цели и вообще для возрождения русского духа в Холмско-Варшавской епархии и утверждения православия в Привисленском крае им увеличен был состав причтов почти во всех городских церквах, восстановлено много пришедших в разрушение во времена унии православных храмов, а также устроено много новых; возобновлены в Холме и Замостье православные братства, открыто при Варшавском кафедральном соборе Свято-Троицкое братство, Яблочинский мужской монастырь, древний памятник православия в крае, был преобразован и возведен на степень первоклассного; в Посаде Лесне, во времена унии бывшем центром латинской пропаганды, устроена православная женская община. В целях возвышения умственного и нравственного уровня духовенства и авторитета его в глазах иноверцев.
Преосвященный Леонтий преобразовал Холмскую бывшую униатскую семинарию по образцу русских православных семинарий, для которой, по его требованиям, выстроено было прекрасное здание в Холме. Здесь же вскоре открыто был духовное училище, преобразованное из бывшей причетнической школы. Преосвященный Леонтий усилил благочиннический надзор за приходским духовенством, исходатайствовал от правительства увеличение окладов жалованья духовенству. Заботясь об умственном и нравственном просвещении народа Преосв. Леонтий восстановил церковные братства и усилил их деятельность, увеличил число церковно-приходских школ и церковно-приходских попечительств, устроил приюты при Яблочинском монастыре и Леснинской общине, усилил церковную проповедь.
Восстановленное им в 1879 году Холмское Православное Свято-Богородицкое братство для укрепления и утверждения православия в Холмской Руси в 1885 году впервые выпустило в свет "Холмский народный календарь" с целью вытеснить из употребления в народе составленные в латинском и польском духе польские календари.
С 15 мая 1883 года - член Святейшего Синода, с 1884 года - почетный член Санкт-Петербургской духовной академии.
На собственные средства устроил кладбищенскую церковь в родном селе и домовую церковь в Павловском духовном училище.
17 ноября 1891 года был назначен на Московскую кафедру c возведением в сан митрополита. Кратковременно было служение Преосвященного Леонтия на кафедре Московской митрополии, полтора лишь года, но оно ознаменовано двумя важными событиями в церковно-общественной жизни русского народа, а именно: устройством церковно-народного чествования 500-летия со дня преставления преподобного Сергия Радонежского и фототипическим изданием всецело на средства преосвященного Леонтия Нового Завета, писанного рукою Святителя Алексия, митрополита Московского и духовного друга святого Сергия Радонежского.
Характерны черты его были: необыкновенная простота и доступность в обращении с людьми всякого чина и звания, умение поставить подчиненное ему священство в самые близкие, задушевные к себе отношения и вызвать его на откровенное сознание и изъяснения нужд и недугов, в целях их восполнения и уврачевания, искреннее доброжелательство ко всем, кто имел счастье служить под его властью и ревностное охранение их прав и достоинства и широкая благотворительность, совершаемая и явно и тайно.
Был человеком большого личного обаяния, высокообразованнейшего ума и доброго сердца. Много потрудился на распространение и укрепление православия в Западной России. Он был прекрасным оратором.
Скончался в 9.45 вечера 1(13) августа 1893 года в возрасте 71 года в селе Черкизове. Отпевание в Алексеевской церкви Чудова монастыря возглавил архиепископ Новгородский Феогност (Лебедев) в сослужении нескольких епископов, архимандритов и почетного белого духовенства. На отпевании в Москве и погребении в Сергиевом Посаде присутствовал великий князь Сергей Александрович с великой княгиней Елисаветой Феодоровной в сопровождении лиц свиты, высшего духовенства и многих почетных высокопоставленных лиц. Погребен 5 августа под сводами Успенского собора Троице-Сергиевой Лавры, на западной стороне.
Много лет вел переписку с митрополитом Санкт-Петербургским Исидором (Никольским), эти письма после его смерти не были найдены.
