В миру Евфимий Алексеевич Болховитинов родился 18 декабря 1767 года в городе Воронеже в семье приходского священника Алексия Болховитинова.
С 1777 года обучался сперва в Архиерейском певческом хоре, с 1778 года - в Воронежской духовной семинарии до половины курса Философии.
В 1785 году окончил Воронежскую духовную семинарию и как лучший ученик был отправлен для продолжения образования в Московскую Славяно-греко-латинскую академию . Одновременно с занятием в академии слушал лекции в Московском университете.
9 января 1789 года был назначен преподавателем риторики и французского языка в Воронежскую духовную семинарию . В риторическом классе преподавал особым курсом Греческие и Римские древности.
С 20 августа 1789 года был вице-префектом и библиотекарем. С июня 1790 года, сверх всего, преподавал философию, а 5 сентября того года определён префектом семинарии и учителем богословия.
4 ноября 1793 года вступил в брак с Анной Антоновной, дочерью липецкого купца Расторгуева.
В 1793 году был рукоположен во священника в Воронеже епископом Воронежским и Черкасским Мефодием (Смирновым) .
25 марта 1796 года был возведён в сан протоиерея и определён настоятелем Преображенского собора города Павловска Воронежской епархии с оставлением при семинарии в прежних должностях. При этом был определен присутствующим Воронежской консистории, имея постоянное жительство в Воронеже.
В 1797 -1798 годах исполнял обязанности ректора семинарии. С 14 августа 1797 года обучал церковной истории, священной герменевтике, языкам еллинскому, простому греческому и французскому высшего класса.
В 1798 году лишился троих детей, а 21 августа 1799 года овдовел.
Был вытребован Санкт-Петербургским митрополитом Амвросием (Подобедовым) .
3 марта 1800 года был назначен префектом Александро-Невской академии , философии и красноречия учителем.
9 марта 1800 года пострижен в монашество в Александро-Невской Лавре с наречением имени Евгений.
11 марта 1800 года возведён в сан архимандрита Троицкого Зеленецкого монастыря Санкт-Петербургской епархии.
С августа 1800 и весь 1801 год исполнял чреду священнослужения в Петербурге и был членом Санкт-Петербургского комитета благодетельного общества.
27 января 1802 года переведен в Сергиеву пустынь .
17 января 1804 года хиротонисан во епископа Старорусского .
В 1805 году избран почетным членом Московского университета; в 1806 г. - действительным членом Российской академии.
С 24 января 1808 года - епископ Вологодский .
В этом же году избран членом Санкт-Петербургского медико-хирургической академии. В 1810 году избран членом Санкт-Петербургского общества любителей наук, словесности и художеств; в1811 г. - почетным членом и соревнователем Санкт-Петербургской беседы русского языка.
С 19 июля 1813 года - епископ Калужский и с этого года - почетный член общества истории и древностей при Московском университете. С 1814 года - член Санкт-Петербургской духовной академии ; с 1815 г. - московского общества врачебных и физических наук.
7 февраля 1816 года возведен в сан архиепископа и назначен на Псковскую кафедру .
Избран членом Казанского общества любителей отечественной словесности при университете.
С 1817 года - член Харьковского и Казанского университетов; в 1818 г. - член комиссии составления законов.
С 24 января 1822 года - архиепископ Киевский .
16 марта того же года возведен в сан митрополита Киевского и Галицкого, назначен членом Св. Синода и избран членом Виленского университета.
С 1823 г. - член Киевской духовной академии ; с 1826 г. - почетный член Академии наук.
С 1827 г. - доктор философии Дерптского университета.
С 1829 г. - член Санкт-Петербургского университета.
В 1834 г. избран членом королевского копенгагенского общества северных антиквариев.
С 1835 года - корреспондент статистического отделения совета Министерства внутренних дел.
Скончался 23 февраля 1837 года. Был похоронен в Сретенском приделе Киево-Софийского собора согласно его завещанию.
Прославился как ученый иерарх, оставивший после себя много научных трудов. Его научные исследования включали в себя область археологии, русской истории и церковно-исторических древностей.
По поручению митрополита Новгородского Амвросия епископом Евгением было составлено «предначертание» устройства Духовных училищ, легшее в основу реформы системы духовного образования в России. Важной особенностью этого проекта было предложение сделать из Духовных Академий не только высшие богословские учебные заведения, но и церковно-научные центры, наделенные издательскими функциями.
Был почетным и действительным членом многих ученых обществ: Московского, Казанского, Виленского, Киевского, Харьковского университетов, Российской Академии наук, Медико-хирургической Академии, Общества истории и древностей российских, Московского общества любителей российской словесности, Комиссии по составлению законов Российской Империи и ряда других.
Отличался исключительным трудолюбием. Он дорожил каждой минутой и в письмах изливал свое неудовольствие о потерянном времени. Оставил потомкам большое литературное наследие. Его труды по русской церковной истории имели большое значение для своего времени.
"Нельзя не удивляться тому, - говорит преосвящ. Филарет Киевский , - какое множество перебрал он старинных рукописей, актов и книг и каким обладал трудолюбием и ученостью".
По отзыву М. Погодина, "это был человек, который не мог пробыть ни одного дня без того, чтобы не ознаменовать его трудами на пользу истории".
Он много времени уделял научной деятельности, но это не мешало ему быть неутомимым проповедником слова Божия. Преосвященный обличал суемудрие раскольников, строго относился к лицам, неблагоговейно стоящим в храме Божием. Проповеди митрополита отличались живостью и глубиной мысли. По характеру своему митр. Евгений был скромен и прост. Вот как рассказывает о нем Н.Н. Мурзакевич:
"Давно зная имя митрополита Евгения Болховитинова, как доказанного знатока русских древностей, я полагал, что он, как и многие его собраты, недоступен или невнимателен к мелким людям. Ключарю я откровенно сказал свое мнение. В доказательство противного, отвечал ключарь, вы теперь же можете видеть высокопреосвященного. Любопытство видеть ученую личность одолело нерешительность. На вопрос могу ли видеть митрополита, последовал ответ: "пожалуйста". Отворились двери в залу. Келейный доложил хозяину, и убеленный сединою старец, среднего роста, довольно сухощавый, по летам свежий, но бледный, в простенькой поношенной ряске и такой же камилавке, явился предо мною. Простой прием и завязавшийся разговор вообще о русской старине продолжался до прибытия новых лиц".
Добрую память оставил о себе митр. Евгений своей благотворительностью, страннолюбием и доступностью для всех.

Сочинения:

Новая Латинская Азбука. М., 1788
Рассуждение о надобности греческого языка для богословия. М., 1793
Словарь Исторический о бывших в России писателях духовного чина Греко-Российской Церкви. Издание 2-е в двух частях. Спб., 1827 (первое издание вышло в 1818 году)
Словарь Русских светских писателей, соотечественников и чужестранных, писавших в России, М., 1845
Рассуждения о московских приказах, о старинных членах в России.
История княжества Псковского.
О вологодских и зырянских древностях.
О первом посольстве в Японии.
О присягах славяно-руссов.
Три исторических разговора (о древностях Новгорода).
О чинах Греко-Российской Церкви.
Рассуждение о книге Петра Могилы "Православное исповедание веры".
О соборном деянии 1157 г.
О Российских соборах.
Историческое изображение Грузии.
Описание Воронежской губернии.
Об алтарных украшениях.
Рассуждение о древне-христианском богослужебном пении и о пении в Российской Церкви.
Полное жизнеописание Тихона Воронежского.
Описание Киево-Софийского собора и Киевской иерархии. Киев, 1825.
Словарь историч. о писат. духовного чина в 2-х частях. СПб, 1827.
Вольтеровы заблуждения, обнаруженные аббатом Нонотом в 2-х томах. М., 1793.
Парнасская история (студенческая работа). М., 1788
Словарь Исторический о бывших в России писателях духовного чина Греко-Российской Церкви.
Собрание поучительных слов