Родился в семье тамбовского кафедрального протоиерея. Окончил Тамбовскую духовную семинарию и Санкт-Петербургскую духовную академию, со званием магистра в 1886 году. После окончания учёбы остался преподавать в академии, читая лекции по православной апологетике, а с 1890 года стал преподавать на кафедре введения в круг богословских наук.
С 1896 года стал священником и был назначен на служение к Входоиерусалимской Знаменской церкви в Петербурге. В 1899 году получил звание доцента, а в 1900 году стал профессором. В 1903 году был переведён в военное ведомство и стал настоятелем церкви Лейб-гвардии Кавалергардского Её Величества Императрицы Марии Фёдоровны полка. С 1903 по 1910 год был профессором богословия в Санкт-Петербургском историко-филологическом институте.
В 1908 году работал в комиссии по пересмотру положения о военном духовенстве, с 17 ноября того же года Собранием военного духовенства избран на должность Председателя ревизионной комиссии по делам похоронной кассы.
23 марта 1910 года был назначен помощником Протопресвитера Военного и Морского духовенства А.А. Желобовского.
В 7 [20 мая] 1910 г. Высочайше утвержден протопресвитером Военного и Морского духовенства русской армии, с увольнением его от должности настоятеля церкви Кавалергардского Ее Величества Государыни Императрицы Марии Федоровны полка и от духовно-учебной службы. На должности протопресвитера армии и флота он сменил Желобовского Александра Алексеевича, умершего 29 апреля [12 мая] 1910 года.
В должности Протопресвитера в 1910 году совершил поездки по городам Российской империи; посетил город Ригу Лифляндской губернии на торжество освящения памятника императору Петру I, построенного в первую очередь на пожертвования населения города Риги, что было связано с широкомасштабным празднованием двухсотлетия вхождения в состав Российской империи.
Затем Аквилонов Е.П. совершил поездку в Варшаву (Варшавскую губернию Привислинского края) для обозрения подведомых церквей Варшавской и Привислинской епархии. В 1910-е годы в Варшаве насчитывалось приблизительно 49 православных церквей. А сразу же после русской революции были закрыты опустевшие военные церкви, которые власти не позволили обратить в приходы. В 1920-е годы в Варшаве были уничтожены или перестроены в костёлы в том числе на уничтоженном впоследствии военно-гарнизонном кладбище в Повонзках, четыре при учебных и шесть при благотворительных и лечебных учреждениях, две тюремные церкви и более 20 военных церквей.
Занимался трудными темами богословской тематики — учением о Церкви, доказательством бытия Божия, исследованием иудаизма. Уделял внимание полемике с видными литературными и философскими деятелями того времени, обличал толстовские и социалистические идеи. Выступал против совершения панихид по иноверцам.
Аквилонов являлся искренним и убежденным патриотом, монархистом. Был близок к Русскому собранию и Союзу русского народа, возможно даже являлся их членом. Выступал на монархических собраниях с докладами и речами, на темы государства и церкви, написал ряд работ, посвященных обличению социал-демократов и прочих революционеров, боролся с социалистической и либеральной пропагандой в армии. Автор антисемисткого сочинения «Иудейский вопрос. О невозможности предоставления полноправия русским гражданам из иудейского народа.» (СПб, 1907).
15 марта 1911 года Аквилонов просит об увольнении его в двухмесячный отпуск в город Козлов Тамбовской губернии.
30 марта 1911 г. сопровождающий его священник сообщил телеграммой из Козлова в Санкт-Петербург, что Протопресвитер находится при смерти. Отец Евгений умирал от саркомы, ему было 49 лет. Почувствовав приближение смерти, он взял в руки зажженную свечу и начал сам себе читать «Последование на исход души от тела». Со словами: «Упокой, Господи, душу раба Твоего, протопресвитера Евгения» он отошел в вечность. На должности протопресвитера армии и флота его сменил Георгий Шавельский.
Отпевание протопресвитера Евгения Аквилонова состоялось 4 апреля 1911 года в С.-Петербурге, в церкви Кавалергардского Её Величества Государыни Императрицы Марии Федоровны полка, настоятелем которой он был многие годы. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры, причём погребальную процессию возглавляли два епископа — Омский Владимир (Путята) и Нарвский Никандр (Феноменов).
Награды
Признание к Аквилонову пришло уже при жизни, он являлся ординарным профессором и доктором богословия Санкт-Петербургской духовной академии, был награждён митрой и палицей, а также наперсным золотым крестом из кабинета его величества.
В 1908 году награжден Орденом Святой Анны II степени.
В 1909 году представлен к награде Орденом Святого Владимира III степени.
В этом же году Указом Святейшего Синода от 21 сентября протоиерею Евгению Аквилонову было разрешено возлагать при богослужениях палицу.
Сочинения
Церковь, научные определения Церкви и апостольское учение о ней как Теле Христовом. СПб.,1894. (основное сочинение).
Научно-богословское самооправдание христианства. Введение в православно-христианскую апологетику. -СПб., 1894.
Новозаветное учение о церкви. Опыт догматико-экзегетического исследования. -СПб., 1896.
О Спасителе и о спасении. -СПб., 1899.
О божестве Господа нашего Иисуса Христа и о средствах нашего спасения. -СПб., 1901.
О божественности христианства и о превосходстве его над буддизмом и мохаммеданством. -СПб., 1904.
Аквилонов Е. П. Часть 1 Часть 2 Часть 3 Часть 4 Часть 5 Часть 6 Окончание // О божественности христианства и превосходстве его над буддизмом и мохаммеданством (журнал «Христианское чтение», 1903). — СПб.: Санкт-Петербургская православная духовная академия, 2009. — 586 с.
Ответ архимандриту Павлу : по поводу его "Кратких замечаний" на нашу книгу "Церковь. Научные определения церкви и апостольское учение о ней, как о теле Христовом". -СПб., 1905.
О физико-телеологическом доказательстве бытия Божия. - СПб., 1905.
Христианство и социал-демократия в отношении к современным событиям. - СПб., 1906.
Иудейский вопрос. О невозможности предоставления полноправия русским гражданам из иудейского народа. -СПб., 1907.
Мысли о. Иоанна Кронштадтского о воспитательном значении слова Божия. - СПб., 1909.
