О происхождении и ранних годах его жизни сведений не сохранилось. Начал он свои подвиги в Москве (вероятно, что юродствовал, подражая блаженному Василию Московскому), затем перешел в Костромской Воздвиженский монастырь, где, приняв монашеский постриг, прожил 13 лет. Еще при жизни святой прославился чудотворениями.
Однажды преподобный Ферапонт явился во сне двум инокам Павло-Обнорского монастыря, Пафнутию и Андриану, и повелел основать обитель на берегу реки Монзы (близ Солигалича). Избегая славы человеческой, преподобный удалился из Воздвиженского монастыря и некоторое время жил отшельником. Когда монастырь на реке Монзе был построен старцем Андрианом, преподобный прославил его двумя чудесами: явившись во сне рыбаку из Солигалича и кузнецу из Буя, у которых болели сыновья, он предсказал, что дети их исцелятся в новоустроенном Благовещенском монастыре на реке Монзе. И, действительно, привезенные в монастырь, оба юноши исцелились.
Через некоторое время преподобный Ферапонт сам пришел в Благовещенскую обитель и просил игумена, старца Андриана, стать его духовным отцом. Во время исповеди Андриан был потрясен душевной чистотой преподобного, силой его веры. Два года пребывания преподобного Ферапонта в Монзенском монастыре были временем великого смирения, кротости и аскетических подвигов. Благовещенский монастырь был всегда дорог преподобному: он чудесно содействовал его устроению и перенесению на новое место, защищал от недоброжелателей, чудесно изыскивал средства для его содержания.
Предузнав день своей кончины, святой простился с братией и мирно почил 12 декабря 1597 г. Перед смертью он очень просил, чтобы ему, уже умершему, дали Богоявленской святой воды. Исполняя волю почившего, ему дали святой воды, и он проглотил ее. В летописи монастыря описаны многочисленные исцеления, происходившие у гроба преподобного. Однажды святой спас суда от гибели при прохождении через пороги на реке Костроме, прямо против Благовещенского монастыря, причем некоторые видели благолепного старца, садившегося на корму каждого струга и правившего в опасном месте. Также, явившись во сне игумену монастыря, преподобный предсказал голод 1601 года и повелел запасти больше хлеба.
Через 20 лет после кончины преподобного были обретены его нетленные мощи, причем даже ризы были целыми.
