Екатерина Малков-Панина родилась 15 мая 1889 года в Финляндии, в крепости Свеаборг, в семье военного инженера Василия Васильевича Малков-Панина. В семье было шестеро детей. С ранних лет будущая святая отличалась добротой и отзывчивостью, любила посещать святую обитель, находящуюся недалеко от их усадьбы.
До 1900 года семья проживала в Гельсингфорсе (Хельсинки), затем переехала в Гатчину. В начале ХХ века Екатерина училась на естественном факультете Бестужевских курсов, по окончании которых в 1912-1913 годах работала в Энтомологическом обществе. В 1914 году Екатерина поступила на курсы сестер милосердия и одновременно стала работать в бесплатных городских больницах, позже трудилась в тыловом госпитале, затем перевелась в летучий отряд Георгиевской общины: сестры милосердия этого отряда оказывали помощь раненным бойцам, которых выносили с поля боя.
После тяжелой болезни Екатерина устроилась работницей в село Беззаботное под Петербургом, а в 1919 году с родителями приехала в Эстонию.
5 июля 1922 года Екатерина была принята в число послушниц Пюхтицкого монастыря. С первых дней своей жизни в обители она стала вести себя по временам странно, юродствовала. Вскоре ее перевели в Гефсиманский скит, находившийся в тридцати километрах от монастыря.
В начале Отечественной войны Гефсиманский скит был ликвидирован, а его насельницы вернулись в монастырь. Екатерина в 1942 году была отпущена домой ухаживать за больными престарелыми родителями, которые жили в Таллине. В том же году она похоронила мать и осталась жить со своим отцом. В Таллине Екатерина посещала подворье Пюхтицкого монастыря и предсказала (почти за двадцать лет) его закрытие.
В 1947 году Екатерина похоронила своего отца и вернулась в монастырь, после чего начала открыто юродствовать.
Монахини вспоминали, что она иногда налагала на себя особый пост, объясняя это тем, что собирается умирать, и обычно это было к смерти кого-нибудь из сестер. Если же говорила, что постится, потому что готовится к постригу в мантию, — это значило, что должен состояться чей-то постриг.
Екатерину широко почитали в православном народе как имевшую дар прозорливости и исцеления. К ней стекались за советом и молитвой многочисленные паломники.
В апреле 1966 года архиепископом Таллинским и Эстонским Алексием келейно, в игуменских покоях Пюхтицкого монастыря, был совершен постриг в мантию послушницы монастыря Екатерины с оставлением прежнего имени.
Последние годы своей жизни старица редко выходила из дому, больше лежала. Если вставала и где-либо неожиданно появлялась, то это было большим событием и значило, что в этом доме должно произойти что-то значительное. По рассказам монахинь мать Екатерина постоянно пребывала в болезни, но внешне она ничем не выражала своих страданий. В одном из последних писем блаженная написала: «Как легко взять на себя подвиг и как трудно его докончить...».
5 мая 1968 года, на празднование Жен-мироносиц, мать Екатерина мирно отошла ко Господу.
Имеется много убедительных свидетельств о святости подвижницы и обильных благодатных дарах, проявлявшихся при ее жизни и после смерти в очевидных чудотворениях, в том числе исцелениях (некоторые из них подтверждены медицинскими документами).
7 марта 2018 года Священный Синод постановил причислить к лику святых для местного почитания в Пюхтицком Успенском ставропигиальном женском монастыре монахиню Екатерину (Малков-Панину) (журнал № 7). Память блаженной Екатерины, Христа ради юродивой, положено совершать 5 мая.
