Исааковская икона Рождества Пресвятой Богородицы была явлена в 1659 году неподалеку от села Исаакиевского Ярославской епархии. Крестьяне, находившиеся в то время в лесу и увидевшие образ в ветвях ивы, хотели перенести икону в свое село, но не смогли. Тогда они обратились к священнику, и он, облачившись, в сопровождении причта и народа, со священными хоругвями отправился на место явления образа Божией Матери. От иконы, находившейся в ветвях ивы, исходил необычайный свет, подобный солнечному. После молебного пения священник благоговейно снял икону с дерева и перенес в село Исаакиевское в приходский храм. Однако на следующий день новоявленной иконы в храме не оказалось. Она была на том самом месте, где ее впервые нашли. На месте явления чудотворной иконы построили часовню, вокруг которой постепенно образовался скит.
С благословения святителя Ионы, митрополита Ярославского и Ростовского, в 1662 году на месте часовни был построен деревянный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1758 году вместо деревянного был построен каменный храм, в который и перенесли чудотворный образ. С 1766 года Исаакова пустынь была причислена к заштатным монастырям, а Исааковская икона Божией Матери крестными ходами переносилась в храмы Вологодской и Ярославской епархий.
В июне 1900 года монастырь стал женским, в нем проживали 107 мoнaхинь. В годы советской власти обитель была закрыта, а в ее главном храме разместились контора совхоза и клyб.
В 2006 году администрация Первомайского муниципального района приняла решение о передаче обители в ведение Ярославской епархии Русской Православной Церкви для восстановления. В настоящее время монастырь функционирует как архиерейское подворье. К 2013 году в братском корпусе монастыря был освящен домовый храм во имя Серафима Саровского. В 2016 году специально для обители была написана икона Рождества Пресвятой Богородицы, которая была доставлена в монастырь с крестным ходом. В день перенесения мощей Иоанна Златоуста 9 февраля 2019 года епископ Рыбинский и Даниловский Вениамин (Лихоманов) освятил колокола новой звонницы обители.
В настоящее время монастырь функционирует как архиерейское подворье Исакова Рождество-Богородицкая пустынь в котором и пребывает чудотворная икона.
